1796-1802Editar
A guerra foi prejudicial para a Espanha e para as receitas da Coroa Espanhola, com o bloqueio britânico a reduzir grandemente a quantidade de riqueza que chegava das colónias. Uma frota espanhola principal, sob o comando de José de Córdoba y Ramos, tinha 27 navios da linha, no entanto, e planeava ligar com os franceses e proteger as enseadas de bens valiosos. A frota mediterrânica britânica tinha 15 navios da linha – fortemente ultrapassada pelas ameaças franco-espanholas, forçando a retirada da Córsega e do Elba até 1797. Contudo, a Marinha espanhola mostrou-se incapaz de se coordenar com os seus aliados republicanos franceses, e foi fortemente derrotada na Batalha do Cabo de São Vicente. Isto deixou a Espanha numa posição de desvantagem no mar durante o resto da guerra, mesmo que tenham repelido dois ataques britânicos a Cádiz e Tenerife e uma posterior expedição britânica a Ferrol.
1804-1808Editar
O Tratado de Amiens em 1802 previa uma trégua temporária nas hostilidades, só para ser quebrada em 1804 quando, de surpresa e sem declaração de guerra, navios britânicos atacaram um esquadrão espanhol de fragatas que transportava ouro e prata para Cádiz. A fragata espanhola Nuestra Señora de las Mercedes explodiu e as outras foram capturadas pelos britânicos.
Os franceses planejavam uma invasão da Grã-Bretanha no ano seguinte; a frota espanhola seria parte integrante na assistência a essa invasão. Na Batalha de Trafalgar, em 1805, uma frota conjunta franco-espanhola, tentando unir forças com as frotas francesas no norte para a invasão, foi atacada por uma frota britânica e perdida num combate decisivo. A vitória britânica acabou com a ameaça imediata de uma invasão da Grã-Bretanha por Napoleão. Também abalou seriamente a determinação do impopular governo espanhol liderado por Godoy, que começou a duvidar da utilidade da sua aliança incerta com Napoleão. Entretanto, uma campanha britânica (1806-1807) para conquistar a região estrategicamente importante do Rio da Prata na América do Sul espanhola fracassou.
Godoy se retirou do sistema continental que Napoleão havia concebido para combater a Grã-Bretanha, só para se juntar novamente a ele em 1807, depois que Napoleão havia derrotado os prussianos. Napoleão, no entanto, tinha perdido a sua fé no Godoy e no rei espanhol Carlos IV. Havia também um apoio crescente em Espanha para o filho do rei, Fernando, que se opunha ao amplamente desprezado Godoy. Fernando, porém, favoreceu uma aliança com a Grã-Bretanha, e Napoleão sempre duvidou da confiabilidade de qualquer realeza Bourbon.