Selecionado na terceira rodada com a 64ª escolha geral da NFL Draft de 1973, Fouts ajudou a levar os Chargers aos playoffs de 1979 a 1982 e duas vezes ao jogo do título da AFC (1980 e 1981). Naquele período, o San Diego terminou no top-4 da NFL em pontos a cada temporada, duas vezes à frente do campeonato. Fouts liderou o campeonato quatro vezes em passes; encerrando sua carreira com mais de 40.000, o terceiro jogador a superar esse marco. Ele foi eleito para o Hall da Fama do Futebol Profissional em 1993.
Fouts foi uma seleção de seis vezes Pro Bowl (1979, 1980, 1981, 1982, 1983, 1985, 1985) e compilou classificações de passes acima de 90,0 para uma faixa de 3 anos (1981-83). Ele foi o primeiro jogador da NFL a ultrapassar 4.000 passes em três temporadas consecutivas (1979-1981), liderou a NFL em passes em quatro temporadas consecutivas (1979-1982) e seis vezes eclipsou a marca dos 20 toques com um recorde de carreira de 33 em 1981. Sua carreira de 4.802 jardas de passes durante a temporada de 1981 foi um recorde da NFL na época.
Fouts estabeleceu recordes de passes de temporada da NFL em três temporadas consecutivas de 1979 a 1981 com um total de 4.082, 4.715, e 4.802 jardas. Ele quebrou o recorde profissional de Joe Namath de 4.007 estabelecido na Liga Americana de Futebol em 1967, e Dan Marino bateu o recorde do Fouts em 1984 com 5.084 jardas. Os Chargers, em 1979, foram os primeiros campeões da Divisão Oeste da AFC a executar mais jogadas de passe (541) do que de corrida (481). Fouts foi vice-campeão do Earl Campbell na Associated Press (AP) votando tanto no prêmio de Jogador Mais Valioso (MVP) da NFL quanto no prêmio de Jogador Ofensivo do Ano. Na temporada seguinte, o Fouts estabeleceu um recorde na NFL com oito jogos de 300 jardas ou mais e tornou-se o primeiro quarterback a lançar 30 touchdowns em uma temporada desde Daryle Lamonica, em 1969. Em 1982, uma temporada encurtou para 9 jogos por causa de um strike, o Fouts passou em média 320 jardas por jogo, um recorde da NFL que se manteve até o Drew Brees chegar em média a 342,25 em 2011. Os destaques dessa temporada foram as vitórias consecutivas contra as equipes do Super Bowl de 1981, San Francisco (41-37) e Cincinnati (50-34), nas quais o Fouts arremessou mais de 400 jardas em cada jogo para levar os Chargers às vitórias nos pênaltis. Naquela temporada, ele foi nomeado o MVP da NFL pela Associação de Escritores de Futebol Profissional e pela Associação Empresarial de Jornais. Ele terminou em segundo lugar na pesquisa da AP atrás de Mark Moseley, o único jogador a ganhar o prêmio. No entanto, a AP votou nele como MVP ofensivo da liga, assim como o Pro Football Weekly.
Fouts conseguiu as seleções All-Pro em 1979 e 1982, além de ter sido nomeado 2º Team All-Pro em 1980 e 1985. Além disso, Fouts também foi nomeado 2ª Equipa All-AFC em 1981 e 1983. No entanto, Fouts e os Chargers perderam ambos os jogos do Campeonato AFC em que jogaram.
Fouts nos primeiros anos do campeonato foram pouco auspiciosos, mas com a chegada do treinador Don Coryell, em 1978, a sorte dos Chargers virou. No entanto, foi dois anos antes, com a chegada de Bill Walsh como coordenador ofensivo dos Chargers, que as sementes do sucesso foram plantadas. Sob Coryell, os Chargers eram conhecidos como Air Coryell pelo jogo de passes profundos e pelo envolvimento do extremo apertado como um receptor chave. Isso exigia um quarterback duro e inteligente, com um braço forte. Os Fouts encaixavam na conta.
Fouts não era um quarterback móvel e o jogo de passes profundos levava a muitos golpes. O treinador do Hall da Fama Bill Walsh, um assistente técnico dos Chargers em 1976, disse: “Dan Fouts tinha um nervo frio, parecido com aço e coragem … Ele levou muitas pancadas, muitas pancadas, mas continuou a jogar, machucado ou não. Ele jogou mais futebol físico do que qualquer um da sua equipa, incluindo os linebackers”. Raramente usando a espingarda, Fouts voltava do centro e procurava um dos grandes receptores. O grande receptor Charlie Joiner e Kellen Winslow foram os mais famosos, ambos agora no Hall da Fama, mas John Jefferson e Wes Chandler, entre outros, também foram fundamentais. A passagem de Fouts permitiu que Winslow liderasse a NFL em recepções duas vezes (1980,1981), enquanto Winslow (1982) e Lionel James (1985) lideraram a AFC em recepções em outras duas ocasiões combinadas. James estabeleceu o recorde da NFL (desde então batido) em 1985 por receber jardas por um running back de 1.027. Jefferson se tornou o primeiro receptor a ter 1.000 jardas recebidas em cada uma de suas três primeiras temporadas na NFL. Tanto Jefferson (1980) quanto Chandler (1982) lideraram a NFL na recepção de jardas. A média de 129 jardas recebidas pelo Chandler por jogo em 1982 ainda é um recorde da liga. Tanto Jefferson (1978, 1980) como Chandler (1982) lideraram a NFL em termos de recepção de TDs. Em 1980, Winslow, Jefferson e Joiner se tornaram o primeiro trio da mesma equipe a ter 1.000 jardas recebidas em uma temporada. Quando ele se aposentou depois de 1986, Joiner foi o líder de todos os tempos da NFL em recepções com 750,
A proteção de passes também foi fundamental para tal ofensa. Os Chargers tinham uma excelente linha ofensiva que protegia bem Fouts, e incluía quatro vezes Pro Bowler Ed White, cinco vezes Pro Bowler Russ Washington, três vezes Pro Bowler Doug Wilkerson, Billy Shields e Don Macek. Os Chargers lideraram a liga em jardas de passagem um recorde da NFL 6 anos consecutivos de 1978 a 1983 e novamente em 1985 sob o comando de Fouts. Eles também lideraram a liga em jardas totais no ataque 1980-1983 e 1985.
Embora tenham ido aos playoffs de 1979 a 1982 e jogado em dois jogos do Campeonato AFC, os Chargers nunca foram para o Super Bowl sob Fouts (embora tenham ido 7 anos após a sua aposentadoria). Normalmente isso é atribuído à fraca defesa e à sua relutância em correr a bola. No Fouts, a defesa não era tão brilhante, mas o jogo de corrida ficou muito melhor com a adição de Chuck Muncie, trocado de Nova Orleans em 1980, e o desenho de James Brooks, de Auburn, em 1981. No entanto, a defesa sofreu uma derrota quando Fred Dean, um especialista em sacos All-Pro, foi trocado para o San Francisco 49ers em 1981 em uma disputa de contrato, e Dean ganharia o Jogador Defensivo do Ano da UPI NFC (enquanto jogava em apenas 11 jogos) naquele ano a caminho de uma vitória no Super Bowl e ajudaria os 49ers a conquistar outro título do Super Bowl três anos depois. Dean seria mais tarde empossado no Hall da Fama.
“Não posso dizer o quanto isso nos afetou, porque conseguimos chegar ao jogo do campeonato AFC”, disse Gary “Big Hands” Johnson, da perda de Dean. “Mas eu poderia dizer que se tivéssemos mais passes apressados da esquina, poderia ter sido diferente.” A U-T San Diego em 2013 chamou ao comércio “talvez o maior erro da história do franchise.” O próprio Fouts seria quase trocado em 1983 pelos Baltimore Colts em troca dos direitos de John Elway devido a uma disputa de contrato, mas chegaria a um acordo sobre uma extensão e Elway seria infamemente trocado pelo rival Denver Broncos.
Overall, os Chargers conseguiram três vitórias contra quatro derrotas nos playoffs sob Fouts, que jogou mais de 300 jardas em todos esses jogos, menos dois. Uma das suas vitórias mais notáveis foi o jogo de playoffs de 1982 conhecido como The Epic em Miami, onde Fouts levou a sua equipa a uma vitória de 41-38 ao completar 33 dos 53 passes para um recorde de franchise 433 jardas e 3 touchdowns no dia quente e húmido. Suas finalizações, tentativas e jardas no jogo foram todos recordes da pós-temporada da NFL na época. Na semana seguinte no jogo do campeonato AFC em Cincinnati, houve uma queda de temperatura de 92°F em relação à semana anterior em Miami, e os Chargers perderam 27-7 no que é conhecido como Freezer Bowl.
A temporada seguinte, ele jogou 333 jardas e 3 touchdowns em uma vitória de 31-28 sobre o Pittsburgh Steelers na rodada do AFC Wild Card. A carreira de playoff do Fouts terminou no jogo de playoff da Divisão AFC contra Miami, onde ele fez 5 interceptações para apenas um passe para touchdown. Fouts passou a jogar por mais quatro temporadas com os Chargers, aposentando-se em 1987, após 15 anos com eles. Ele terminou sua carreira como o líder de todos os tempos dos Chargers em passes e touchdowns com 43.040 e 254 respectivamente.