Vida prematura
Houston nasceu em Auckland, Nova Zelândia, a 17 de Fevereiro de 1954. Os seus pais, Frank e Hazel, eram então oficiais do Exército de Salvação. Quando Houston tinha três anos, seus pais se juntaram às Assembléias de Deus na Nova Zelândia e começaram a pastorear uma igreja em Lower Hutt, perto de Wellington.:62 Aqui Houston e seu irmão e três irmãs passaram sua infância. Após completar a escola ele foi para uma faculdade bíblica por três anos.:66 Pouco depois de completar a faculdade ele conheceu sua futura esposa, Bobbie, em Papamoa Beach, na Nova Zelândia, durante uma convenção cristã. Casaram-se em 1977.
Ministério
Após mudar-se para Sydney, Nova Gales do Sul, Austrália, em 1978, Houston serviu no Sydney Christian Life Centre, em Darlinghurst, onde se tornou pastor assistente de seu pai, Frank Houston. Em 1980 iniciou uma igreja na Costa Central e trabalhou em uma igreja em Liverpool em 1981. Em 1983, Houston contratou o salão da Escola Pública Baulkham Hills nos subúrbios do noroeste de Sydney para fundar uma nova igreja, o Hills Christian Life Centre. O primeiro culto foi realizado no domingo, 14 de agosto de 1983.
Em maio de 1997, Houston foi eleita presidente das Assembleias de Deus na Austrália (agora chamadas Igrejas Cristãs Australianas) após a aposentadoria de Andrew Evans. Ele ajudou a criar a rede das Igrejas Cristãs Australianas de igrejas Pentecostais em fevereiro de 2000. Esta aliança representa mais de 200.000 membros em igrejas afiliadas e ele foi o seu presidente inaugural. Ele também é membro da Associação de Ministros Pentecostais Australianos (APMF). Na Conferência Nacional das Igrejas Cristãs Australianas de 2009, Wayne Alcorn foi eleito para substituir Houston depois que ele escolheu não concorrer novamente para o cargo.
Em 10 de maio de 1999, Frank Houston deixou o cargo de pastor sênior no Sydney Christian Life Centre e Brian Houston foi nomeado para o cargo. Brian Houston disse que Frank “parecia apressado” para entregar a sua igreja a ele. Isto foi antes das revelações do abuso sexual infantil de Frank se tornarem conhecidas. Quinze anos depois, em 2014, Brian Houston falou em audiências realizadas pela Comissão Real em Respostas Institucionais ao Abuso Sexual Infantil, afirmando que recebeu uma alegação em outubro de 1999 de que seu pai abusou sexualmente de um homem menor de idade australiano. A declaração de Brian Houston e as provas apresentadas à Comissão Real revelaram que, em Novembro de 1999, o seu pai confessou ter cometido abuso sexual de crianças. A Comissão Real censurou Brian Houston por não ter denunciado as alegações de abuso sexual contra seu pai e por não ter evitado um claro conflito de interesses investigando seu próprio pai enquanto servia como Presidente Nacional das Assembleias de Deus na Austrália.
Em setembro de 2018, Hillsong deixou as Igrejas Cristãs Australianas para se tornar uma denominação autônoma, identificando-se mais como uma igreja global e carismática. De acordo com Hillsong e ACC, a separação foi amigável.
Ele é um produtor executivo da Hillsong Music Australia (HMA), que é o ministério de música da Igreja de Hillsong. Este ministério musical tem tido muito sucesso ao longo dos anos com álbuns de topo de tabela do Hillsong United (nascido do ministério da juventude), e Hillsong Live, que é a “expressão de adoração” da Igreja de Hillsong e incorpora toda a sua equipe de adoração. A cada ano Hillsong grava seu álbum anual ao vivo, e as músicas desta gravação ao vivo são então cantadas por congregações da igreja em todo o mundo. Algumas das canções mais populares cantadas hoje em dia nas igrejas são músicas de Hillsong, incluindo “Mighty to Save” e “Shout to the Lord” (que foi apresentado em um episódio especial do American Idol chamado “Idol Gives Back” em 2008.