A derrubada da autoridade espanhola pelos Estados Unidos em 1898 levou os filipinos a acreditar que a independência do seu país, proclamada em 12 de junho de 1898, estava garantida. Uma bandeira nacional bem diferente das bandeiras revolucionárias usadas alguns anos antes foi adotada. No içamento havia um triângulo branco, símbolo de liberdade e provavelmente derivado do simbolismo maçônico. Tinha um sol dourado e três estrelas douradas, que representavam as três principais áreas das Filipinas – o grupo de ilhas Luzon, no norte, o grupo Visayan, no sul, e a principal ilha do sul de Mindanao. Os oito raios de sol eram para as províncias onde a revolta anti-espanhola original havia eclodido. O restante da bandeira consistia em faixas horizontais de azul (pela vontade de se sacrificar pela liberdade) sobre o vermelho (pela coragem).
A primeira república foi finalmente suprimida pelos Estados Unidos, e sua bandeira foi proibida entre 1907 e 1920. Em 1936 a nova Commonwealth das Filipinas adotou essa bandeira em antecipação à eventual independência. Sob ocupação japonesa, a bandeira filipina foi inicialmente proibida e depois oficialmente reconhecida em 14 de outubro de 1943, quando a segunda república controlada pelo Japão foi proclamada. Os filipinos que se opunham ao domínio japonês exibiam a bandeira com a faixa azul para baixo e a faixa vermelha para cima (ou seja, içavam a bandeira de cabeça para baixo). Finalmente, os Estados Unidos concederam a independência às Filipinas em 4 de julho de 1946, sob a bandeira de 1898. Em 1985, o presidente Ferdinand Marcos alterou a tonalidade do azul do escuro para o claro, na crença de que as primeiras bandeiras da república tinham a cor azul claro. Seu sucessor, Corazon Aquino, reverteu a mudança, mas em 16 de setembro de 1997, em antecipação ao centenário da bandeira original das Filipinas, a faixa superior foi novamente alterada, de azul-marinho escuro para um azul real mais claro.