Wykrywanie prowirusa HIV-1, który może integrować się z jądrem komórki gospodarza i pozostawać latentny przez lata jest problematyczne. Próg hybrydyzacji in situ, który wynosi około 10 kopii na komórkę, jest zbyt wysoki, aby wykryć jedną zintegrowaną kopię prowirusa. Chociaż łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR) może wykryć 1 prowirusa na 100,000 komórek, nie może ona określić specyficznej komórkowej lokalizacji wirusa. Te problemy mogą być rozwiązane za pomocą hybrydyzacji in situ PCR. Adaptacja tej metody do detekcji RNA (reverse transcriptase in situ PCR) pozwala na określenie czy infekcja wirusowa jest utajona czy produktywna, jak również na wykrycie odpowiedzi gospodarza w postaci ekspresji mRNA cytokin. Metodologie te wykazały, że (1) istnieje masywne zakażenie komórek CD4 przez HIV-1 przed wystąpieniem objawów definiujących AIDS, (2) progresja AIDS charakteryzuje się postępującym niszczeniem komórek CD4, o czym świadczy zwiększony stosunek komórek zakażonych produktywnie do komórek zakażonych latentnie, (3) głównym celem wirusa w szyjce macicy, płucach, ośrodkowym układzie nerwowym i mięśniach szkieletowych jest makrofag i jego pochodne, oraz (4) choroby związane z AIDS, takie jak demencja AIDS, charakteryzują się zarówno dużą liczbą komórek zakażonych wirusem, jak i podwyższeniem poziomu szerokiej gamy cytokin, głównie w sąsiednich niezakażonych komórkach. Rozdział ten opisuje metodologie wykrywania HIV-1 DNA i RNA w zatopionych w parafinie wycinkach tkanek, jak również eksperymenty znakowania potrzebne do określenia odpowiedzi gospodarza na inwazję wirusową.