De omverwerping van het Spaanse gezag door de Verenigde Staten in 1898 deed de Filippino’s geloven dat de onafhankelijkheid van hun land, die op 12 juni 1898 werd uitgeroepen, gewaarborgd was. Er werd een nationale vlag aangenomen die heel anders was dan de revolutionaire vaandels die een paar jaar eerder waren gebruikt. In de lucht was een witte driehoek te zien, symbool van vrijheid en waarschijnlijk ontleend aan de vrijmetselaarssymboliek. Er stonden een gouden zon en drie gouden sterren op, die stonden voor de drie belangrijkste gebieden op de Filippijnen – de eilandengroep Luzon in het noorden, de Visayagroep in het zuiden en het belangrijkste zuidelijke eiland Mindanao. De acht zonnestralen stonden voor de provincies waar de oorspronkelijke anti-Spaanse opstand was uitgebroken. De rest van de vlag bestond uit horizontale banen van blauw (voor de bereidheid zich op te offeren voor de vrijheid) over rood (voor moed).
De eerste republiek werd uiteindelijk door de Verenigde Staten onderdrukt, en haar vlag werd tussen 1907 en 1920 vogelvrij verklaard. In 1936 nam het nieuwe Gemenebest van de Filippijnen die vlag aan in afwachting van de uiteindelijke onafhankelijkheid. Onder de Japanse bezetting werd de Filippijnse vlag eerst verboden en vervolgens officieel erkend op 14 oktober 1943, toen de door Japan gecontroleerde tweede republiek werd uitgeroepen. Filippino’s die zich tegen de Japanse overheersing verzetten, toonden de vlag met de blauwe streep naar beneden en de rode streep naar boven (d.w.z. ze hesen de vlag ondersteboven). Uiteindelijk verleenden de Verenigde Staten de Filippijnen op 4 juli 1946 onafhankelijkheid, onder de vlag van 1898. In 1985 veranderde president Ferdinand Marcos de kleur van het blauw van donker naar licht, in de overtuiging dat de vroegste vlaggen van de republiek lichtblauw waren geweest. Zijn opvolger, Corazon Aquino, draaide de verandering terug, maar op 16 september 1997, in afwachting van de honderdste verjaardag van de originele Filippijnse vlag, werd de bovenste streep opnieuw veranderd, van donker marineblauw naar lichter koningsblauw.