Er zijn verschillende South Atlantic Leagues geweest in de geschiedenis van het minor league honkbal, van 1904 tot heden met een paar onderbrekingen. De league liep van 1904 tot 1917 als een klasse C league, startte daarna weer op in 1919, ook in klasse C. Deze keer liep de league van 1919 tot 1930 en promoveerde naar klasse B vanaf 1921. William G. Bramham werd medio 1924 voorzitter van de league en deed dit tot 1930. De competitie werd opnieuw opgestart als klasse B van 1936 tot 1942, werd stilgelegd als gevolg van de Tweede Wereldoorlog, en keerde terug in 1946 als een klasse A league. De AA Southern Association (die nooit integreerde) stierf na het seizoen 1961 en dus werd de SAL gepromoveerd naar AA in 1963 om zijn plaats in te nemen; een jaar later werd de naam veranderd in de Southern League. Van de 51 seizoenen waarin de Southern League actief was, speelde Augusta, Georgia in 46, Macon, Georgia was er 46 en Columbia, South Carolina speelde in 45. Charleston, South Carolina; Jacksonville, Florida; Savannah, Georgia; en Columbus, Georgia; deden ook elk minstens 29 jaar mee, wat een relatief stabiele line-up oplevert.
De naam South Atlantic League bleef 16 jaar ongebruikt, maar in 1980 bracht de Western Carolinas League de naam terug toen het zijn identiteit wilde veranderen. Gedurende bijna 60 jaar, 1948 tot 2007, was de dominante figuur in de WCL/SAL de oprichter en voorzitter van de league John Henry Moss, die de WCL in 1948 als jonge man begon, het in 1960 opnieuw oprichtte en het vervolgens de nieuwe eeuw in leidde. Moss ging met pensioen aan het einde van het seizoen 2007 van de South Atlantic League. Hij overleed op 90-jarige leeftijd op 1 juli 2009 in Kings Mountain, North Carolina – een stad waar hij ook 23 jaar burgemeester was geweest.
In 2005 had de SAL de hoogste opkomst in 101 jaar met meer dan 3.541.992 fans (terwijl minor league baseball een tweede opeenvolgend record vestigde met 41.333.279 bezoekers). Momenteel heeft de competitie 14 teams, verdeeld in twee divisies van zeven clubs.
De start van het seizoen 2020 werd uitgesteld als gevolg van de COVID-19 pandemie voordat het uiteindelijk op 30 juni werd afgelast. Eind 2020 dwong de herstructurering van het minor league-systeem door Major League Baseball een enorme omwenteling af op de Class A- en High-A-niveaus. Van de veertien teams die het 2020 SAL seizoen zouden hebben gespeeld werden er zes gepromoveerd naar High-A en zouden deelnemen aan de nieuwe High-A East, vijf bleven in Low-A, maar sloten zich aan bij de nieuwe Low-A East, en drie werden geheel uit het geaffilieerde honkbal gedwongen. De Hagerstown Suns vouwden naar verluidt en de West Virginia Power en de Lexington Legends traden beide toe tot de Atlantic League of Professional Baseball, een partnercompetitie met Major League Baseball.