In de tweede helft van de 20e eeuw kwam de zaak tegen Hauptmann onder de loep te liggen. Eén bewijsstuk tijdens zijn proces was bijvoorbeeld een gekrabbeld telefoonnummer op een bord in zijn kast, dat het nummer was van de man die het losgeld had afgeleverd, John F. Condon. Een jurylid tijdens het proces zei dat dit het item was dat hem het meest overtuigde, maar sommige schrijvers beweren dat een verslaggever later toegaf dat hij het nummer zelf had geschreven. Daar is echter geen bewijs voor, en Hauptmann gaf toe dat hij Condon’s nummer had gekrabbeld nadat hij het in een krant had gezien, en beweerde dat hij dat had gedaan uit interesse voor de zaak. Er wordt ook beweerd dat de ooggetuigen die Hauptmann rond de tijd van het misdrijf op het Lindbergh landgoed zagen, onbetrouwbaar waren, en dat noch Lindbergh noch de tussenpersoon die het losgeld afleverde, aanvankelijk Hauptmann als de ontvanger identificeerden.
In feite vertelde Condon, nadat hij Hauptmann had gezien in een line-up op het New York Police Department Greenwich Street Station, aan FBI Special Agent Turrou dat Hauptmann niet “John” was, de man aan wie Condon beweerde dat hij het losgeld had overhandigd op de St. Raymond’s Cemetery. Hij verklaarde verder dat Hauptmann er anders uitzag (bijvoorbeeld dat hij andere ogen had, zwaarder was, en ander haar had), en dat “John” eigenlijk dood was omdat hij door zijn medeplichtigen was vermoord.
Terwijl hij in een auto in de buurt zat te wachten, hoorde Lindbergh de stem van “John” naar Condon roepen tijdens het afgeven van het losgeld, maar hij heeft hem nooit gezien. Hoewel hij voor de Bronx grand jury getuigde dat hij alleen de woorden “hey doc” had gehoord, en dat het erg moeilijk zou zijn om te zeggen dat hij een man aan zijn stem kon herkennen, identificeerde hij Hauptmann als iemand met dezelfde stem tijdens zijn proces in Flemington. De politie heeft Hauptmann geslagen toen hij in hechtenis was op het Greenwich Street Station.
Er wordt ook beweerd dat bepaalde getuigen zijn geïntimideerd, en sommigen beweren dat de politie bewijsmateriaal, zoals de ladder, heeft geplant of vervalst. Er zijn ook beschuldigingen dat de politie heeft geknoeid met Hauptmanns tijdkaarten en collega’s negeerde die verklaarden dat Hauptmann aan het werk was op de dag van de ontvoering. Deze en andere bevindingen waren voor J. Edgar Hoover, de eerste directeur van de FBI, aanleiding om vraagtekens te zetten bij de manier waarop het onderzoek en het proces waren uitgevoerd. De weduwe van Hauptmann heeft tot het einde van haar leven campagne gevoerd om de veroordeling van haar man ongedaan te maken.
Erastus Mead Hudson was een vingerafdruk expert die op de hoogte was van het toen zeldzame zilvernitraat proces om vingerafdrukken te verzamelen van hout en andere oppervlakken waarop de eerdere poedermethode niet zou werken. Hij stelde vast dat de vingerafdrukken van Hauptmann niet op het hout zaten, zelfs niet op plaatsen die de man die de ladder had gemaakt, moet hebben aangeraakt. Toen hij dit aan een politieagent meldde en zei dat ze verder moesten zoeken, zei de agent: “Goeie God, dat moet u ons niet vertellen, dokter!” De ladder werd vervolgens van alle vingerafdrukken gewassen, en kolonel Norman Schwarzkopf, Sr, de hoofdinspecteur van de staatspolitie van New Jersey, weigerde aan het publiek bekend te maken dat de afdrukken van Hauptmann niet op de ladder zaten.
Er zijn verschillende boeken geschreven waarin de onschuld van Hauptmann wordt verkondigd. In deze boeken wordt kritiek geuit op de politie omdat zij de plaats delict heeft laten vervuilen, op Lindbergh en zijn medewerkers omdat zij zich met het onderzoek hebben bemoeid, op de advocaten van Hauptmann omdat zij hem niet effectief hebben vertegenwoordigd, en op de betrouwbaarheid van de getuigen en het fysieke bewijsmateriaal dat tijdens het proces werd gepresenteerd. Met name de Britse journalist Ludovic Kennedy trok veel van het bewijsmateriaal in twijfel, zoals de herkomst van de ladder en de getuigenverklaringen van veel van de getuigen.
In haar boek over een ander geruchtmakend proces uit de jaren dertig, de zaak Winnie Ruth Judd, betoogde onderzoeksjournaliste Jana Bommersbach dat Hauptmann geen eerlijk proces had kunnen krijgen omdat de pers een sfeer van vooroordelen tegen hem had gecreëerd. Bommersbach merkte op dat de kranten in die tijd optraden als “rechter en jury” en de misdaad versloegen op een manier die vandaag de dag als sensationalistisch zou worden beschouwd.
Meer dan 50 jaar heeft Hauptmann’s weduwe zonder succes bij de rechtbank van New Jersey gestreden om de zaak te heropenen. In 1982 klaagde de 82-jarige Anna Hauptmann de staat New Jersey aan, verschillende voormalige politieagenten, de Hearst kranten die artikelen hadden gepubliceerd waarin werd aangedrongen op Hauptmann’s schuld, en voormalig officier van justitie David T. Wilentz (toen 86) voor meer dan $100 miljoen aan schadevergoeding wegens onrechtmatige dood. Zij beweerde dat de nieuw ontdekte documenten aantoonden dat de aanklager zich schuldig had gemaakt aan wangedrag en dat overheidsagenten bewijsmateriaal hadden vervalst, en dat zij allemaal bevooroordeeld waren jegens Hauptmann omdat hij toevallig van Duitse afkomst was. In 1983 wees het Hooggerechtshof van de Verenigde Staten haar verzoek af om de federale rechter die de zaak behandelde te diskwalificeren wegens rechterlijke vooringenomenheid, en in 1984 wees de rechter haar eisen af.
In 1985 werden meer dan 23.000 pagina’s politiedocumenten in de zaak Hauptmann gevonden in de garage van wijlen Gouverneur Hoffman. Deze documenten vormden, samen met 34.000 bladzijden FBI-dossiers die, hoewel ze in 1981 waren ontdekt, niet aan het publiek waren bekendgemaakt, een meevaller van voorheen niet bekendgemaakte informatie. Als direct resultaat van dit nieuwe bewijsmateriaal wijzigde Anna Hauptmann op 14 juli 1986 haar civiele klacht opnieuw, om de naam van haar overleden echtgenoot te zuiveren door te blijven beweren dat hij er “van het begin tot het eind” was ingeluisd door de politie die op zoek was naar een verdachte. Onder haar beschuldigingen waren suggesties dat de rail van de ladder die van de zolder was gehaald, waar zij in 1935 woonden, door de politie was neergelegd, en dat het losgeld was achtergelaten door Isidor Fisch, die mogelijk de echte ontvoerder was. In 1990 wees de gouverneur van New Jersey, James Florio, haar oproep af om Bruno Hauptmanns naam te zuiveren. Anna Hauptmann overleed op 10 oktober 1994.
In 1974 schreef Anthony Scaduto Scapegoat, waarin hij het standpunt verdedigde dat Hauptmann erin was geluisd en dat de politie bewijsmateriaal had achtergehouden en vervalst. Dit leidde tot verder onderzoek, en in 1985 publiceerde Ludovic Kennedy The Airman and the Carpenter, waarin hij betoogde dat Hauptmann niet Charles Augustus Lindbergh Jr. had ontvoerd en vermoord. Van het boek werd in 1996 een televisiefilm Crime of the Century gemaakt, met in de hoofdrollen Stephen Rea en Isabella Rossellini.
Niet alle moderne auteurs zijn het met deze theorieën eens. Jim Fisher, een voormalig FBI-agent en professor aan de Edinboro Universiteit van Pennsylvania, heeft twee boeken over het onderwerp geschreven, The Lindbergh Case (1987) en The Ghosts of Hopewell (1999) om, althans gedeeltelijk, in te gaan op wat hij een “herzieningsbeweging” noemt. In deze teksten legt hij in detail het bewijs tegen Hauptmann uit. Hij geeft een interpretatie waarin hij zowel de voors als de tegens van dat bewijs bespreekt. Hij concludeert: “Vandaag de dag is het Lindbergh fenomeen een gigantische hoax, gepleegd door mensen die misbruik maken van een ongeïnformeerd en cynisch publiek. Ondanks alle boeken, tv-programma’s en rechtszaken is Hauptmann vandaag de dag net zo schuldig als in 1932, toen hij de zoon van het echtpaar Charles Lindbergh ontvoerde en vermoordde.”
Lindbergh geloofde dat Hauptmann betrokken moest zijn geweest bij de ontvoering van en de moord op zijn zoon. Hij merkte op dat Hauptmann prachtig gebouwd was, maar ogen had als een wild zwijn.