Commensale microflora (normale microflora, inheemse microbiota) bestaat uit die micro-organismen die aanwezig zijn op lichaamsoppervlakken die bedekt zijn met epitheelcellen en blootgesteld zijn aan het externe milieu (maagdarmkanaal en luchtwegen, vagina, huid, enz.). Het aantal bacteriën dat de slijmvlies- en huidoppervlakken koloniseert, is groter dan het aantal cellen dat het menselijk lichaam vormt. Commensale bacteriën hebben een co-evolutie met hun gastheer doorgemaakt, maar onder specifieke omstandigheden zijn zij in staat beschermende gastheerreacties te overwinnen en pathologische effecten uit te oefenen. Residente bacteriën vormen complexe ecosystemen, waarvan de diversiteit enorm is. De meest overvloedige microflora is aanwezig in de distale delen van de darm; het merendeel van de darmbacteriën zijn Gram-negatieve anaëroben. Meer dan 50% van de darmbacteriën kan niet met conventionele microbiologische technieken worden gekweekt. Moleculair-biologische methoden helpen bij het analyseren van de structurele en functionele complexiteit van de microflora en bij het identificeren van de componenten daarvan. De residente microflora bevat een aantal componenten die in staat zijn de aangeboren en de adaptieve immuniteit te activeren. Onbeperkte immuunactivatie als reactie op signalen van commensale bacteriën zou het risico van ontsteking kunnen inhouden; immuunreacties op mucosale microbiota vereisen daarom een nauwkeurige regulatie. Het mucosale immuunsysteem heeft gespecialiseerde regulerende, anti-inflammatoire mechanismen ontwikkeld voor het elimineren of tolereren van ongevaarlijke, door voedsel en lucht verspreide antigenen en commensale micro-organismen (orale, mucosale tolerantie). Tegelijkertijd moet het mucosale immuunsysteem echter zorgen voor lokale verdedigingsmechanismen tegen bedreigingen vanuit de omgeving (bv. binnendringende pathogenen). Aan deze belangrijke eis wordt voldaan door verschillende mechanismen van mucosale immuniteit: sterk ontwikkelde aangeboren afweermechanismen die zorgen voor een goede werking van de mucosale barrière, het bestaan van unieke soorten lymfocyten en hun producten, transport van polymere immunoglobulinen door epitheelcellen in secreties (sIgA) en migratie en homing van cellen afkomstig van de mucosale georganiseerde weefsels in mucosae en exocriene klieren.
De belangrijke rol van commensale bacteriën in de ontwikkeling van een optimaal functionerend mucosaal immuunsysteem werd aangetoond in kiemvrije dieren (met behulp van gnotobiologische technieken). De betrokkenheid van de commensale microflora en zijn componenten met sterk immunoactiverende eigenschappen (b.v. LPS, peptidoglycanen, superantigenen, bacterieel DNA, Hsp) in het etiopathogenetisch mechanisme van diverse complexe, multifactoriële en multigene ziekten, waaronder inflammatoire darmziekten, parodontale aandoeningen, reumatoïde artritis, atherosclerose, allergie, multiorganen falen, dikke darmkanker is recent gesuggereerd. Diermodellen van ziekten bij de mens, gekweekt onder bepaalde gnotobiotische omstandigheden, dragen bij tot de opheldering van de etiologie van deze veel voorkomende aandoeningen. Een beter inzicht in de interacties tussen commensale bacteriën en de gastheer door gebruik te maken van kiemvrije diermodellen met selectieve kolonisatiestrategieën in combinatie met moderne moleculaire technieken zou nieuwe inzichten kunnen opleveren in de mechanismen van mucosale immuniteit en ook in de pathogenetische mechanismen van verschillende infectieuze, inflammatoire, auto-immune en neoplastische ziekten. Regeling van de samenstelling van de microflora (bv. door probiotica en prebiotica) biedt de mogelijkheid om de ontwikkeling van de mucosale en systemische immuniteit te beïnvloeden, maar kan ook een rol spelen bij de preventie en behandeling van sommige ziekten.