De organisatie die heeft geleid tot het Military Auxiliary Radio System heette het Auxiliary Amateur Radio System (AARS). AARS werd in november 1925 opgericht door enkele toegewijde pioniers in het Signal Corps van het Amerikaanse leger onder leiding van kapitein Thomas C. Rives. De Verenigde Staten erkenden dat radio tijdens de Eerste Wereldoorlog een cruciale vorm van communicatie was. De integratie van radio ter ondersteuning van legeroperaties vergde veel mankracht en vaardigheden, waaraan niet gemakkelijk kon worden voldaan. Het Army Amateur Radio System werd in 1925 opgericht om te voorzien in een pool van getrainde radio-operators ter aanvulling van het Signal Corps tijdens mobilisatie in oorlogstijd en om te voorzien in een uitbreiding van het radionetwerk van het Signal Corps ter ondersteuning van civiele autoriteiten bij hulpverlening bij natuurrampen. Terwijl de organisatie de militaire doelen ondersteunde, bestond zij uit vrijwillige burgers die volleerde radioamateurs waren. Deze burgers pasten hun speciale vaardigheden in radiocommunicatie toe terwijl ze het Signal Corps ondersteunden op het vasteland van de Verenigde Staten, de Filippijnen, Panama en Hawaï.
De organisatie kende uiteindelijk zowel succes als mislukking. Het Army Amateur Radio System slaagde erin de bekwaamheid van zijn radio-operators te ontwikkelen, zoals bleek uit de steun die werd verleend aan lokale, staats- en federale autoriteiten tijdens hulpacties bij natuurrampen. Aan de vooravond van de toetreding van de Verenigde Staten tot de Tweede Wereldoorlog was het aantal leden van het Army Amateur Radio System echter beduidend te laag om voldoende mankracht te kunnen leveren voor de mobilisatie van het Signal Corps voor de oorlog. De AARS-organisatie bleef actief tot de toetreding van de Verenigde Staten tot de Tweede Wereldoorlog op 7 december 1941. Op dat moment werd radioamateurs het gebruik van de radiogolven ontzegd en werden de amateurdienst en het Army Amateur Radio System gedeactiveerd. Na de Tweede Wereldoorlog zag het Amerikaanse leger het belang in van de reactivering van de AARS om het broodnodige communicatiepersoneel op te leiden tegen relatief lage directe kosten voor de regering, en in 1946 werd de AARS opnieuw geactiveerd.
De AARS functioneerde als zodanig tot de oprichting van het Military Affiliate Radio System in november 1948 met de oprichting van afzonderlijke MARS-programma’s voor de landmacht en de luchtmacht, als gevolg van de oprichting van de luchtmacht als een afzonderlijke dienst. In 1948 koos kapitein Robert L. Gabardy (K4TJ, SK) het acroniem MARS, de Romeinse god van de oorlog, als een passende naam voor de wedergeboorte van het AARS na de Tweede Wereldoorlog als het Militair Amateur Radio Systeem. De naam van het programma werd op 2 september 1952 veranderd in het Military Affiliate Radio System, als erkenning van het veranderende karakter van de organisatie met het groeiende aantal civiele vrijwillige leden. Uiteindelijk werd het MARS-programma van de Marine en het Korps Mariniers officieel opgericht op 17 augustus 1962, en werd het operationeel op 1 januari 1963. Dit volgde op de Cubaanse Raketcrisis en de zorg van president Kennedy voor levensvatbare en uitgebreide communicatiemogelijkheden.
Tijdens de Koreaanse Oorlog, de Vietnamoorlog, de Koude Oorlog en de Golfoorlog was MARS het meest bekend om zijn behandeling van “Marsgram” geschreven berichten en het verstrekken van “telefoonpatches” om overzeese militairen in staat te stellen contact op te nemen met hun familie thuis.
De naam van het programma werd op 23 december 2009 opnieuw veranderd in het huidige Military Auxiliary Radio System.
In een bericht van mei 2009 werd aangekondigd dat het MARS-programma van de marine en het korps mariniers per 30 september 2009 zou worden stopgezet. Navy-Marine Corps MARS bleef echter functioneren tot 30 september 2015.
Department of Defense Instruction 4650.02 van 23 december 2009 veranderde de status van MARS van een affiliate in een auxiliary (gelijk in status aan de Coast Guard Auxiliary en Civil Air Patrol). Door deze statuswijziging werd de sluiting van het MARS-programma van het Navy-Marine Corps voorkomen en werd het programma weer op één lijn gebracht met de noodcommunicatieopdracht van zijn zusterdiensten (MARS van de landmacht en de luchtmacht).
