Typen pathogenese omvatten microbiële infectie, ontsteking, maligniteit en weefselafbraak. Bacteriële pathogenese is bijvoorbeeld het mechanisme waardoor bacteriën infectieziekten veroorzaken.
De meeste ziekten worden veroorzaakt door meerdere processen. Zo ontstaan bepaalde vormen van kanker door disfunctie van het immuunsysteem (huidtumoren en lymfoom na een niertransplantatie, waarvoor immunosuppressie nodig is).
De pathogene mechanismen van een ziekte (of aandoening) worden in gang gezet door onderliggende etiologische oorzaken, die, indien onder controle gehouden, het mogelijk zouden maken de ziekte te voorkomen. Vaak wordt een potentiële etiologie geïdentificeerd door epidemiologische waarnemingen voordat een pathologisch verband kan worden gelegd tussen de oorzaak en de ziekte. Het pathologische perspectief kan rechtstreeks worden geïntegreerd in een epidemiologische aanpak in het interdisciplinaire veld van de moleculaire pathologische epidemiologie (MPE). MPE kan helpen pathogenese en causaliteit te beoordelen door een potentiële etiologische factor te koppelen aan moleculair-pathologische handtekeningen van een ziekte.