De meeste zoogdieren kunnen zonder training instinctief zwemmen; een opmerkelijke uitzondering vormen de mensapen. Mensen zijn duidelijk in staat om met training vaardige zwemmers te worden; van andere mensapen is echter niet bekend dat ze zwemmers zijn, afgezien van anekdotische verslagen. Van chimpansees bijvoorbeeld wordt beweerd dat zij graag in het water spelen, maar niet zwemmen. De onwil om te zwemmen is zo sterk dat het vermoedelijk een rol heeft gespeeld bij de soortvorming van chimpansees en bonobo’s, die geografisch gescheiden zijn door de Congo-rivier. Deze bevinding geldt overigens niet voor alle primaten, want sommige apensoorten, zoals krabetende makaken en slingerapen, zijn wel zwemmend onder water waargenomen.
Een verschil in affiniteit voor water tussen de mens en de andere mensapen kan eenvoudigweg het gevolg zijn van gedragsverschillen tussen de soorten. De meeste apen hebben bijvoorbeeld een instinctieve angst voor roofdieren of verdrinking. Interessant is dat angst voor water een van de meest voorkomende fobieën bij de mens is; samen met soortgelijke fobieën zoals die voor spinnen en slangen, is voorgesteld dat het een “evolutionair relevante” fobie is die een selectief voordeel zou kunnen opleveren.
Dit potentiële verschil zou echter ook het gevolg kunnen zijn van fysiologische verschillen. Dienovereenkomstig is een aantal kenmerken van de moderne menselijke fysiologie voorgesteld als middelen waardoor mensen, maar niet onze naaste verwanten, in staat zijn om te zwemmen. Deze omvatten: een zwemreflex bij jonge kinderen, een duikreflex, het vrijwillig inhouden van de adem, en het drijfvermogen dat wordt geleverd door meer vetweefsel. Deze voorbeelden houden echter geen stand bij nader onderzoek.
De zuigelingenzwemreflex beschrijft “ritmische, gecoördineerde bewegingen, met remming van de ademhaling” die worden waargenomen bij menselijke zuigelingen die in buikligging in water worden gelegd tot ze ongeveer 4-6 maanden oud zijn. Deze reflex komt echter ook voor bij andere pasgeboren zoogdieren, waaronder apen, en is dus niet specifiek voor de mens.
Bij de duikreflex veroorzaakt contact van het gezicht met koud water bradycardie (trage hartslag), apneu (adem inhouden) en perifere vasoconstrictie. Dit stelt een dier in staat zuurstof te sparen terwijl het onder water zwemt. Ook deze duikreflex komt bij alle zoogdieren voor.
Voluntary breath-holding, die bij de mens wordt aangetroffen, bestaat naar verluidt ook bij andere zoogdieren, waaronder apen. De mogelijkheid om dit te bestuderen wordt aanzienlijk beperkt door de methodologische beperking om een niet-menselijk dier zijn adem te laten inhouden. Verder is de relevantie van deze eigenschap voor het zwemmen onduidelijk, aangezien reflexmatige apneu een kenmerk is van de duikrespons. Het bipedalisme van de mens, waarbij de beweging van het middenrif minder houdingsbeperkingen heeft, kan althans gedeeltelijk verantwoordelijk zijn voor eventuele werkelijke verschillen in adembeheersing tussen mensen en andere apen.
Ten slotte is gesteld dat zwemmen een zekere mate van drijfvermogen vereist dat wordt geleverd door een hoge verhouding tussen lichaamsvet en spieren. Mensen schijnen een uitzonderlijk hoog vetweefselgehalte te hebben in vergelijking met andere primaten, hoewel deze bevinding duidelijk wordt gecompliceerd door de percentages overgewicht en zwaarlijvigheid in moderne menselijke populaties.
Deze en een hele reeks andere kenmerken van de menselijke fysiologie zijn door voorstanders van de “Aquatic Ape Hypothesis” naar voren gebracht als aanwijzingen dat de mens afstamt van een aquatische voorouder. Deze hypothese is grotendeels in diskrediet gebracht.
Aquatisch voedsel zoals krokodillen, schildpadden en vis zijn al 2 miljoen jaar geleden in Kenia in verband gebracht met het dieet van de hominidae. Vis bevat veel essentiële vetzuren; met name het omega-3-vetzuur docosahexaeenzuur (DHA) is in vis veel rijker dan in andere voedingsbronnen. Deze vetzuren komen veel voor in hersenweefsel en zijn belangrijk voor de hersenfunctie. Er is daarom voorgesteld dat een habitat in de buurt van water en het oogsten van aquatisch voedsel belangrijke kenmerken waren van de vroege Homo.