1796-1802Edit
De oorlog was schadelijk voor Spanje en voor de inkomsten van de Spaanse kroon, omdat de Britse blokkade de hoeveelheid rijkdom die uit de koloniën binnenkwam, sterk verminderde. De belangrijkste Spaanse vloot, onder leiding van Jose de Cordoba y Ramos, beschikte echter over 27 linieschepen en was van plan om zich met de Fransen te verbinden en de kapen met waardevolle goederen te beschermen. De Britse Middellandse Zeevloot had 15 linieschepen – zwaar in de minderheid door de Frans-Spaanse bedreigingen, waardoor tegen 1797 een terugtocht van Corsica en Elba werd afgedwongen. De Spaanse marine bleek echter niet in staat tot coördinatie met haar Franse Republikeinse bondgenoten en werd zwaar verslagen in de Slag bij Kaap St Vincent. Vincent. Hierdoor bleef Spanje de rest van de oorlog op zee in het nadeel, ook al sloeg het twee Britse aanvallen af op Cadiz en Tenerife en een latere Britse expeditie naar Ferrol.
1804-1808Edit
Het Verdrag van Amiens van 1802 voorzag in een tijdelijke wapenstilstand, die echter in 1804 werd verbroken toen Britse schepen bij verrassing en zonder oorlogsverklaring een Spaans eskader fregatten aanvielen dat goud en zilver vervoerd had naar Cádiz. Het Spaanse fregat Nuestra Señora de las Mercedes ontplofte en de anderen werden door de Britten veroverd.
De Fransen planden een invasie van Groot-Brittannië in het komende jaar; de Spaanse vloot zou een integrerend deel uitmaken van de hulp bij deze invasie. In de Slag bij Trafalgar, in 1805, werd een gecombineerde Frans-Spaanse vloot, die probeerde zich bij de Franse vloten in het noorden aan te sluiten voor de invasie, aangevallen door een Britse vloot en verloor in een beslissend gevecht. De Britse overwinning maakte een einde aan de onmiddellijke dreiging van een invasie van Groot-Brittannië door Napoleon. Het bracht ook de impopulaire Spaanse regering onder leiding van Godoy aan het wankelen, die begon te twijfelen aan het nut van haar onzekere bondgenootschap met Napoleon. Intussen mislukte een Britse campagne (1806-1807) om het strategisch belangrijke Rio de la Plata-gebied in Spaans Zuid-Amerika te veroveren.
Godoy trok zich terug uit het Continentale Systeem dat Napoleon had opgezet om Groot-Brittannië te bestrijden, om zich er in 1807 weer bij aan te sluiten, nadat Napoleon de Pruisen had verslagen. Napoleon had echter zijn vertrouwen in Godoy en de Spaanse koning Karel IV verloren. In Spanje groeide ook de steun voor de zoon van de koning, Ferdinand, die zich verzette tegen de alom verachte Godoy. Ferdinand was echter voorstander van een bondgenootschap met Engeland, en Napoleon had altijd al getwijfeld aan de betrouwbaarheid van een Bourbon koningshuis.