Vlooienmineerders veroorzaken zowel direct als indirect schade aan planten. De meest directe schade wordt veroorzaakt doordat de larven het bladweefsel uitmijnen, wat leidt tot uitdroging, voortijdige bladval en cosmetische schade. In tropische en subtropische gebieden kan dit leiden tot verbranding van vruchten zoals tomaat en meloen. Bladverlies vermindert ook de opbrengst. In volgroeide planten van vruchtgroentegewassen kan echter een aanzienlijke hoeveelheid loof beschadigd raken voordat de oogst wordt aangetast.
De grootte van een bladtunnel hangt af van het ontwikkelingsstadium van het blad, de soort waardplant en de soort mineervlieg. De oudere larven maken bredere tunnels. Voedselplekken gemaakt door volwassen vrouwtjes kunnen ook de opbrengst verminderen, hoewel dit, behalve bij siergewassen, meestal van minder belang is. Zaailingen en jonge planten kunnen volledig worden vernietigd als gevolg van de directe schade veroorzaakt door mineervliegen.
Indirecte schade ontstaat wanneer ziekteverwekkende schimmels of bacteriën het plantenweefsel binnendringen via de voedingsvlekken. De mijnen van de erwtenmineervlieg (Liriomyza huidobrensis) lopen vaak langs middennerven en zijnerven, maar kunnen ook onregelmatig over het blad lopen. Wanneer meer mijnen op een blad verschijnen, kan een grote “plaatmijn” worden gevormd. Deze bevinden zich meestal aan de basis van het blad.