Vroeger
Houston werd geboren in Auckland, Nieuw-Zeeland, op 17 februari 1954. Zijn ouders, Frank en Hazel, waren toen officieren van het Leger des Heils. Toen Houston drie jaar oud was, sloten zijn ouders zich aan bij de Assemblies of God in Nieuw-Zeeland en begonnen een kerk te voorgaan in Lower Hutt, bij Wellington.:62 Hier brachten Houston en zijn broer en drie zussen hun jeugd door. Na zijn schooltijd ging hij drie jaar naar een bijbelschool.:66 Kort na zijn studie ontmoette hij zijn toekomstige vrouw, Bobbie, op Papamoa Beach in Nieuw-Zeeland tijdens een christelijke conventie. Ze trouwden in 1977.
Ministry
Na zijn verhuizing naar Sydney, New South Wales, Australië, in 1978, diende Houston in het Sydney Christian Life Centre in Darlinghurst, waar hij de assistent-predikant werd van zijn vader, Frank Houston. In 1980 begon hij een kerk aan de Central Coast en in 1981 werkte hij in een kerk in Liverpool. In 1983 huurde Houston de hal van de Baulkham Hills Public School in de noordwestelijke buitenwijken van Sydney om een nieuwe kerk te beginnen, het Hills Christian Life Centre. De eerste dienst werd gehouden op zondag 14 augustus 1983.
In mei 1997 werd Houston gekozen tot president van de Assemblies of God in Australië (nu Australian Christian Churches geheten) na de pensionering van Andrew Evans. Hij hielp bij de oprichting van het Australische Christelijke Kerken-netwerk van Pinkstergemeenten in februari 2000. Deze alliantie vertegenwoordigt meer dan 200.000 leden in aangesloten kerken en hij was de inaugurele voorzitter ervan. Hij is ook lid van de Australian Pentecostal Ministers Fellowship (APMF). Op de Nationale Conferentie van Australische Christelijke Kerken in 2009 werd Wayne Alcorn gekozen om Houston te vervangen nadat hij ervoor had gekozen zich niet opnieuw kandidaat te stellen voor de functie.
Op 10 mei 1999 trad Frank Houston terug als senior pastor van het Sydney Christian Life Centre en werd Brian Houston in die functie benoemd. Brian Houston zei dat Frank “overhaast leek” om zijn kerk aan hem over te dragen. Dit was voordat de onthullingen over Frank’s seksueel misbruik van kinderen bekend werden. Vijftien jaar later, in 2014, sprak Brian Houston tijdens hoorzittingen van de Royal Commission into Institutional Responses to Child Sexual Abuse, waarin hij verklaarde dat hij in oktober 1999 een beschuldiging had ontvangen dat zijn vader een Australische minderjarige man seksueel had misbruikt. Uit de verklaring van Brian Houston en het bewijsmateriaal dat aan de Royal Commission werd voorgelegd, bleek dat zijn vader in november 1999 had bekend dat hij seksueel misbruik van kinderen had gepleegd. De Koninklijke Commissie censureerde Brian Houston voor zijn verzuim om de beschuldigingen van seksueel misbruik tegen zijn vader te melden en voor zijn verzuim om een duidelijk belangenconflict te vermijden dat zijn eigen vader onderzocht terwijl hij diende als nationaal president van de Assemblies of God in Australië.
In september 2018 verliet Hillsong de Australische Christelijke Kerken om een autonome denominatie te worden, die zich meer identificeert als een wereldwijde en charismatische kerk. Volgens zowel Hillsong als ACC was het afscheid vriendschappelijk.
Hij is uitvoerend producent voor Hillsong Music Australia (HMA), dat is het muziekministerie van Hillsong Church. Dit muziekdepartement is in de loop der jaren zeer succesvol geweest met topalbums van Hillsong United (ontstaan uit de jeugdbediening), en Hillsong Live, de “aanbiddingsexpressie” van Hillsong Church met hun hele aanbiddingsteam. Elk jaar neemt Hillsong een live album op, en de liedjes van deze live opname worden dan gezongen door kerkgemeenten over de hele wereld. Enkele van de populairste liederen die vandaag de dag in kerken worden gezongen zijn Hillsong liederen, waaronder “Mighty to Save” en “Shout to the Lord” (dat te horen was in een speciale aflevering van American Idol genaamd “Idol Gives Back” in 2008.