Klik op de bovenstaande pictogrammen om de nieuwste ApE te downloaden (v2.0.61, 5 februari 2020)
Zie de onderstaande instructies voor het installeren van open source programma’s op een Mac. Als u installeert op OSX El Capitain (OSX 10.11) of oudere systemen. Stuur me een email voor instructies (Vermeld uw OS versie- ik negeer emails zonder deze informatie.)
Klik hier om een vrijwillige donatie te doen ter ondersteuning van ApE.
Volg @ApEplasmid
Een korte video van het installeren van ApE op een Mac:
Uw browser ondersteund de <video> tag niet.
Werkt onder Windows (XP, Vista, 7, 8, en 10) en Mac (OS X v10.5 en hoger) Markeert restrictieplaatsen in het bewerkingsvenster Geeft nauwkeurig Dam/Dcm-blokkering van enzymplaatsen weer Markeert tekst met behulp van vooraf gedefinieerde en aangepaste kenmerkbibliotheken Toont vertaling, Tm, %GC, ORF van geselecteerd DNA in real-time Leest DNA Strider, Fasta, Genbank- en EMBL-bestanden Slaat bestanden op als DNA Strider-compatibel of Genbank-bestandsformaat Markeert en tekent grafische kaarten met behulp van annotaties van kenmerken uit Genbank- en EMBL-bestanden Direct BLASTs geselecteerde sequentie op NCBI of wormbase
Tekstkaart toont DNA-sequentie, vertaling, en kenmerken als op tekst gebaseerde grafieken
Creëert grafische restrictiekaarten- lineair of cirkelvormig met aangegeven kenmerken Verbindt grafische en tekstkenmerken met hyperlink dubbelklik Slaat afbeeldingen op als ingekapseld postscript of schaalbare vectorafbeeldingen Kopieert en slaat afbeeldingen op als Windows metafiles (alleen MS Windows)
Virtuele restrictiedigestie Tekent voorafgedefinieerde en door de gebruiker gedefinieerde DNA-ladders Verbindt banden met tekst door te dubbelklikken
Leest ABI-sequencing-spoorbestanden Sequenties in ABI-sporen kunnen direct worden uitgelijnd met een referentiesequentie, met de uitlijning via een hyperlink terug naar het trace.
Selecteert sites die aan meerdere criteria voldoen (union/intersection-knipfrequentie, sitetype) in alle geopende vensters Selecteert sites die in de ene sequentie vaker knippen dan in de andere (voor snip-SNP-detectie of diagnostische digests) Heeft door de gebruiker gedefinieerde enzymagroepen om bijv. enzymen die momenteel in voorraad zijn, te onderscheiden. Stelt gebruikers in staat nieuwe enzymen te definiëren op naam en herkenningsplaats Importeert DNA Strider-bestanden (eenvoudige enzym- en sitelijsten) die beschikbaar zijn via REBASE
Andere functies:
De meeste analysevensters zijn voorzien van hyperlinks naar de corresponderende sequenties, waaronder: Graphic Maps Text maps Virtual Digests Alignments (inclusief ABI sequenties) Silent Sites Translation Primer Find Maakt gebruik van aangepaste feature definition libraries, die het mogelijk maken: Snel annoteren van sequenties Snel zoeken en markeren van alle beschikbare primers die u (of anderen) hebben en die met een sequentie hybriden Snel en efficiënt op meerdere manieren annoteren en visualiseren van sequenties Grafische kaarten die primerbindingsplaatsen en alle interessante sequentiekenmerken tonen Vertaalt sequenties met optionele DNA-uitlijning Vindt potentiële primers die voldoen aan gebruikerscriteria (lengte, Tm, %GC, zelf/andere complementariteit) Aligns twee DNA-sequenties (of elke combinatie van sequentie en ABI trace), met de alignment hyperlink naar de originele sequentie Finds translationally silent restriction sites Draws graphic ORF maps
Klik hier om een vrijwillige donatie te doen ter ondersteuning van ApE.
Opvragen oudere versies
U kunt nu genomische regio’s rechtstreeks uit Wormbase exporteren: Selecteer in het drop-down menu rechtsboven de knop “Download Track Data”. Klik op de “Configureer…” knop. Dump geselecteerde kenmerken met behulp van versie 3 Over de momenteel zichtbare regio. Vink “Opslaan in bestand” aan. Vink “DNA-sequentie insluiten” aan. UNCHECK “Inclusief spoorconfiguratiegegevens”. Klik op “Go”. Open het resulterende .gff bestand in de nieuwste ApE.
Als alternatief kunt u een genomische regio exporteren (vanuit de genoom-viewer) als een FASTA geformatteerd bestand (via het menu linksboven). U kunt de feature tracks toevoegen door de GFF3 feature track bestanden te downloaden via hetzelfde menu. In ApE, open het FASTA bestand, gebruik dan het Features menu om de GFF3 track info te openen.
Een andere manier is om het gen model te nemen (van een gen pagina), plak het in een ApE venster en selecteer dan alles, maak een nieuwe feature (Feature menu), en in het edit feature venster dat verschijnt druk op de “hoofdletter alleen” knop. Als u denkt dat ApE niet alle ClaI-locaties vindt (of XbaI of BclI) waarvan u WEET dat ze in uw sequentie aanwezig zijn, schakel dan de Dam/Dcm-methylering op uw sequentie uit en probeer het opnieuw. Zie hier voor meer informatie. Klik hier om een vrijwillige donatie te doen ter ondersteuning van ApE.
om een vrijwillige donatie te doen ter ondersteuning van ApE.
