Terugkerend met zijn moeder Vinn van een reis naar Berlijn, wordt Michael Gant, de zoon van Defense Intelligence Agency (DIA) directeur Robert Gant, ontvoerd en zijn beveiliging wordt weggevaagd door de aanvaller, ex-DIA agent Sever. FBI-agent Jeremiah Ecks verliet het agentschap nadat zijn vrouw Rayne werd gedood bij een autobomaanslag. Zijn oude baas, Julio Martin, vraagt hem de zaak Gant te onderzoeken. Hij beweert dat Rayne nog leeft en hij zal Ecks de informatie over haar verblijfplaats geven, als hij Sever helpt op te pakken. Ecks stemt toe en ontdekt dat Sever een Chinees weesmeisje is dat door de DIA werd geadopteerd om te worden opgeleid tot een geheim agent en huurmoordenaar zonder “angst, geweten of moraal”. Ondertussen executeert Robert Gant de enige overlevende van de beveiliging van zijn zoon. Hij beveelt dan zijn elite agenten, geleid door A. J. Ross, om Sever te achtervolgen en Michael te redden.
Ecks voegt zich bij Martin en CSIS agent Harry Lee in Vancouver, waar Sever zich schuilhoudt. Ecks komt te weten dat Gant een experimenteel wapen met de codenaam Softkill heeft gestolen, een nanorobot die in de menselijke bloedsomloop opereert en naar believen hartaanvallen kan veroorzaken. Gant had Softkill geïmplanteerd in Michael om het de Verenigde Staten binnen te smokkelen. Ross en zijn mannen omsingelen Sever in een winkelcentrum, maar zij vaagt Ross’s troepen weg in een langdurig vuurgevecht. Sever schiet Martin neer, en Ecks achtervolgt Sever, met als hoogtepunt een gevecht dat wordt afgebroken wanneer Ross op hen begint te schieten met een M60 machinegeweer, wat Sever een kans geeft om te ontsnappen.
Ecks wordt gearresteerd door de Vancouver Police Department onder het valse voorwendsel dat hij Martin heeft gedood. Terwijl hij naar de gevangenis wordt vervoerd, wordt zijn konvooi aangevallen door Sever, die Ecks bevrijdt. Na een lange achtervolging vertelt Sever Ecks dat ze aan zijn kant staat en geeft hem de locatie van zijn vrouw. Ecks ontmoet Rayne in een aquarium en het wordt onthuld dat haar “dood” was georkestreerd door Gant. Rayne geloofde dat Ecks dood was, terwijl hij dacht dat ze weg was. Rayne trouwde toen met Gant onder de naam Vinn. Het eindigt dat Gant Sever’s familie heeft laten vermoorden; in eerste instantie werd gedacht dat de ontvoering van Michael Sever’s wraak was. Rayne onthult echter dat Michael eigenlijk Ecks zoon is, en Sever’s ontvoering was voor zijn bescherming.
Ecks, Rayne, en Sever gaan naar Sever’s ondergrondse bunker in een verlaten treinenterrein, waar Rayne wordt herenigd met Michael. Gant en Ross arriveren met een leger van zwaar bewapende DIA agenten, en een massale strijd volgt. Ecks en Sever krijgen uiteindelijk de overhand, en Sever doodt Ross in een gevecht in de bunker. Gant probeert de Softkill in Michael’s arm terug te vinden, maar is verbaasd dat die er niet is. Sever doodt Gant met een kogel geladen met de Softkill, en ontsnapt als de politie arriveert. De film eindigt met Ecks en Sever die over de zee uitkijken en Ecks die Sever bedankt voor de hereniging met zijn familie.