Een slurry hars, zoals DEAE-Sephadex, wordt in de kolom gegoten. De gebruikte matrix is onoplosbaar met geladen groepen die covalent zijn gehecht. Deze geladen groepen worden wisselaars genoemd, zoals kation- en anionwisselaars. Na bezinking wordt de kolom voorgeëquilibreerd in buffer voordat het eiwitmengsel wordt aangebracht. DEAE-Sephadex is een positief geladen slurry die elektrostatische interacties zal hebben met de negatief geladen atomen, waardoor deze later elueren dan de positief geladen moleculen in het geïnteresseerde monster. Dit is een scheidingstechniek die veel wordt gebruikt om specifieke proteïnen of enzymen in het lichaam te ontdekken. Ongebonden eiwitten worden opgevangen in het doorstroomde water en/of in de daaropvolgende bufferwasbeurten. Eiwitten die zich aan de positief geladen hars binden, worden vastgehouden en kunnen op een van de volgende twee manieren worden geëlueerd. Ten eerste wordt de zoutconcentratie in de elutiebuffer geleidelijk verhoogd. De negatieve ionen in de zoutoplossing (bv. Cl-) concurreren met eiwitten bij binding aan de hars. Ten tweede kan de pH van de oplossing geleidelijk worden verlaagd, wat resulteert in een meer positieve lading op het eiwit, waardoor het vrijkomt van de hars. Beide technieken kunnen verdringen de negatief geladen eiwit dat vervolgens wordt geëlueerd in reageerbuisjes fracties met de buffer.
De scheiding van eiwitten zal afhangen van de verschillen in totale lading. De samenstelling van ioniseerbare zijketengroepen zal de totale lading van het eiwit bij een bepaalde pH bepalen. Bij het isoëlektrisch punt (pI) is de totale lading van het eiwit 0 en zal het zich niet aan de matrix binden. Als de pH boven de pI ligt, heeft het eiwit een negatieve lading en bindt het zich aan de matrix in een anionenwisselingskolom. De stabiliteit van het eiwit bij waarden boven of onder de pI bepaalt of een anionenwisselingskolom of een kationenwisselingskolom moet worden gebruikt. Als het stabiel is bij pH-waarden onder de pI, moet de kationenwisselingskolom worden gebruikt. Is het stabiel bij pH-waarden boven de pI, dan kan de anionenwisselingskolom worden gebruikt.