Die Organisation, aus der das Military Auxiliary Radio System hervorging, war das Auxiliary Amateur Radio System (AARS). AARS wurde im November 1925 von einigen engagierten Pionieren des United States Army Signal Corps unter der Leitung von Captain Thomas C. Rives gegründet. Die Vereinigten Staaten erkannten während des Ersten Weltkriegs, dass das Radio ein wichtiges Kommunikationsmittel war. Die Integration des Radios zur Unterstützung der Armeeeinsätze erforderte einen erheblichen Bedarf an Arbeitskräften und Fähigkeiten, der nicht ohne weiteres gedeckt werden konnte. Das Army Amateur Radio System wurde 1925 gegründet, um einen Pool von ausgebildeten Funkern zur Verfügung zu stellen, die das Signal Corps während der Mobilisierung in Kriegszeiten verstärken und das Funknetz des Signal Corps erweitern sollten, um zivile Behörden bei der Katastrophenhilfe zu unterstützen. Während die Organisation militärische Ziele unterstützte, setzte sie sich aus freiwilligen Zivilisten zusammen, die versierte Funkamateure waren. Diese Zivilisten setzten ihre besonderen Fähigkeiten im Bereich der Funkkommunikation ein und unterstützten das Signal Corps auf dem gesamten amerikanischen Festland, auf den Philippinen, in Panama und auf Hawaii.
Die Organisation erlebte schließlich sowohl Erfolge als auch Misserfolge. Dem Army Amateur Radio System gelang es, die Fähigkeiten seiner Funker weiterzuentwickeln, wie die Unterstützung lokaler, staatlicher und bundesstaatlicher Behörden bei Naturkatastrophen zeigte. Am Vorabend des Kriegseintritts der Vereinigten Staaten in den Zweiten Weltkrieg war die Mitgliederzahl des Army Amateur Radio System jedoch deutlich zu gering, um die Mobilisierung des Signal Corps für den Krieg mit ausreichendem Personal zu unterstützen. Die AARS-Organisation blieb bis zum Eintritt der Vereinigten Staaten in den Zweiten Weltkrieg am 7. Dezember 1941 bestehen. Zu diesem Zeitpunkt wurde den Funkamateuren die Nutzung des Äthers untersagt, und der Amateurfunkdienst sowie das Army Amateur Radio System wurden deaktiviert. Nach dem Zweiten Weltkrieg erkannte die US-Armee die Bedeutung der Reaktivierung des AARS, um dringend benötigtes Kommunikationspersonal zu relativ geringen direkten Kosten für die Regierung auszubilden, und 1946 wurde das AARS reaktiviert.
Das AARS funktionierte als solches bis zur Schaffung des Military Affiliate Radio System im November 1948 mit der Einrichtung getrennter MARS-Programme der Armee und der Luftwaffe, was die Schaffung der Luftwaffe als eigenständige Dienststelle widerspiegelt. 1948 wählte Hauptmann Robert L. Gabardy (K4TJ, SK) das Akronym MARS, den römischen Gott des Krieges, als passenden Namen für die Wiedergeburt des AARS nach dem Zweiten Weltkrieg als Military Amateur Radio System. Der Name des Programms wurde am 2. September 1952 in Military Affiliate Radio System geändert, um dem sich ändernden Charakter der Organisation mit der wachsenden Zahl ziviler freiwilliger Mitglieder Rechnung zu tragen. Das Navy-Marine Corps MARS-Programm wurde schließlich am 17. August 1962 offiziell gegründet und nahm am 1. Januar 1963 seinen Betrieb auf. Dies geschah im Anschluss an die Kubakrise und das Anliegen von Präsident Kennedy, tragfähige und erweiterte Kommunikationsmöglichkeiten zu schaffen.
Während des Koreakriegs, des Vietnamkriegs, des Kalten Krieges und des Golfkriegs war MARS vor allem für die Bearbeitung von schriftlichen „Marsgram“-Nachrichten und die Bereitstellung von „Phone Patches“ bekannt, die es Soldaten in Übersee ermöglichten, ihre Familien zu Hause zu kontaktieren.
Der Name des Programms wurde am 23. Dezember 2009 wieder in das aktuelle Military Auxiliary Radio System geändert.
Eine im Mai 2009 herausgegebene Mitteilung kündigte die Schließung des MARS-Programms der Navy und des Marine Corps zum 30. September 2009 an. Navy-Marine Corps MARS funktionierte jedoch bis zum 30. September 2015 weiter.
Die Anweisung 4650.02 des Verteidigungsministeriums vom 23. Dezember 2009 änderte den Status von MARS von einer Tochtergesellschaft zu einer Hilfsorganisation (gleichgestellt mit der Coast Guard Auxiliary und der Civil Air Patrol). Diese Statusänderung bewahrte das MARS-Programm der Navy und des Marine Corps vor der Schließung und brachte es wieder in Einklang mit dem Notrufauftrag seiner Schwesterdienste (Army und Air Force MARS).
