Mesotherapie-Behandlungen werden seit über fünfzig Jahren in Europa, Südamerika und seit kurzem auch in den Vereinigten Staaten durchgeführt. Ärzte haben jedoch Bedenken hinsichtlich der Wirksamkeit der Mesotherapie geäußert und argumentiert, dass die Behandlung noch nicht ausreichend untersucht wurde, um eine Aussage treffen zu können. Das Hauptproblem besteht darin, dass die Mesotherapie zur Behandlung kosmetischer Erkrankungen nicht Gegenstand von klinischen Studien nach dem Goldstandard war; das Verfahren wurde jedoch zur Schmerzlinderung bei anderen Beschwerden wie Tendinitis, Sehnenverkalkung, zahnärztlichen Eingriffen, Krebs, Cervicobrachialgie, Arthritis, Lymphödemen und venöser Stase untersucht. Darüber hinaus gibt es Fallserien und zahlreiche medizinische Abhandlungen über die Mesotherapie als kosmetische Behandlung sowie Studien, in denen die in der Mesotherapie verwendeten Inhaltsstoffe verwendet werden.
Die andere Seite der Debatte wird von Rod Rohrich, M.D., Vorsitzender, Abteilung für plastische Chirurgie, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, vertreten: „Meines Wissens gibt es einfach keine Daten, keine Wissenschaft und keine Informationen, dass die Mesotherapie funktioniert.“ Die American Society of Plastic Surgeons (Amerikanische Gesellschaft der plastischen Chirurgen) hat eine Stellungnahme abgegeben, in der sie die Mesotherapie nicht befürwortet, aber diese Nichtbefürwortung ist Gegenstand einer gewissen Kontroverse. Da es sich bei der Mesotherapie nicht um eine chirurgische Behandlung, sondern um eine nicht-invasive Alternative zur plastischen Chirurgie handelt, konkurriert die Behandlung mit der plastischen Chirurgie um dieselben Patienten.
Die FDA kann die Anwendung von Ärzten, die verschiedene Mischungen in den Körper von Patienten injizieren, nicht kontrollieren, da diese Praxis in die Zuständigkeit der staatlichen Ärztekammern fällt. Dies ist der Fall, weil die Mesotherapie von den staatlichen Ärztekammern als „Verfahren“ betrachtet wird. Die FDA hingegen ist für die Zulassung von Lebensmitteln, Nahrungsergänzungsmitteln, Arzneimitteln, Impfstoffen, biologischen Medizinprodukten, Blutprodukten, medizinischen Geräten, strahlenden Geräten, Tierarzneimitteln und Kosmetika zuständig.
Robin Ashinoff, die für die American Academy of Dermatology spricht, sagt: „Eine einfache Injektion gibt den Menschen falsche Hoffnung. Jeder sucht nach einer schnellen Lösung. Aber es gibt keine schnelle Lösung für Fett oder Fettdepots oder für Cellulite.“ Die Amerikanische Gesellschaft für Dermatologische Chirurgie teilte ihren Mitgliedern im Februar 2005 mit, dass „weitere Studien erforderlich sind, bevor diese Technik befürwortet werden kann.“
Viele Dermatologen und plastische Chirurgen sind beunruhigt über den wachsenden Bekanntheitsgrad der Mesotherapie. „Niemand sagt genau, was sie in die Spritze geben“, sagt Naomi Lawrence, Dermachirurgin an der University of Medicine and Dentistry of New Jersey. „Ein häufig verwendetes Medikament, Phosphatidylcholin, ist unberechenbar und verursacht an der Injektionsstelle extreme Entzündungen und Schwellungen. Es ist kein harmloses Medikament.“
Es ist derzeit in einer Reihe von südamerikanischen Ländern verboten. Selbst Brasilien, das bei der Zulassung von Arzneimitteln weniger streng ist als die USA, hat das Medikament für diese Zwecke verboten.
In Australien wird ein alternativer Therapiesalon vom Gesundheitsministerium untersucht, nachdem mehrere Kunden durch die Behandlung Hautabszesse an den Waden, dem Gesäß, den Oberschenkeln, dem Bauch, den Schultern, dem Gesicht und dem Nacken entwickelten, wobei ein Patient auch eine mykobakterielle Infektion entwickelte.
Nachdem bei mehreren Patienten eines französischen Therapeuten unerwünschte Wirkungen beobachtet wurden, wurde im April 2011 in Frankreich ein offizieller Beschluss zum Verbot der Mesotherapie als Methode zur Entfernung von Fettdepots veröffentlicht. Dieses Verbot wurde im Juni 2011 vom französischen Staatsrat aufgehoben, da die Untersuchung ergab, dass diese unerwünschten Wirkungen nicht auf die Mesotherapie selbst zurückzuführen waren, sondern auf die Tatsache, dass sie unter schlechten Bedingungen und unter Missachtung der Hygienegrundsätze praktiziert worden war.