Zu den Arten der Pathogenese gehören mikrobielle Infektion, Entzündung, Bösartigkeit und Gewebezerfall. So ist beispielsweise die bakterielle Pathogenese der Mechanismus, durch den Bakterien Infektionskrankheiten verursachen.
Die meisten Krankheiten werden durch mehrere Prozesse verursacht. So entstehen beispielsweise bestimmte Krebsarten durch eine Fehlfunktion des Immunsystems (Hauttumore und Lymphome nach einer Nierentransplantation, die eine Immunsuppression erfordern).
Die pathogenen Mechanismen einer Krankheit (oder eines Zustands) werden durch zugrundeliegende ätiologische Ursachen in Gang gesetzt, die, wenn sie unter Kontrolle gebracht werden, die Verhinderung der Krankheit ermöglichen. Oft wird eine mögliche Ätiologie durch epidemiologische Beobachtungen identifiziert, bevor eine pathologische Verbindung zwischen der Ursache und der Krankheit hergestellt werden kann. Die pathologische Perspektive kann im interdisziplinären Bereich der molekularpathologischen Epidemiologie (MPE) direkt in einen epidemiologischen Ansatz integriert werden. Die MPE kann dazu beitragen, Pathogenese und Kausalität zu bewerten, indem ein potenzieller ätiologischer Faktor mit molekularpathologischen Signaturen einer Krankheit in Verbindung gebracht wird.