宿主細胞核に集積し何年も潜伏するHIV-1プロウイルスの検出は問題である． in situ hybridizationの閾値は細胞あたり約10コピーであり、プロウイルスの統合コピー1個を検出するには高すぎる。 ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）は10万細胞あたり1個のプロウイルスを検出できるが、ウイルスの細胞内局在を特定することはできない。 これらの問題はPCR in situ hybridizationで解決することができる。 この方法をRNA検出（逆転写酵素in situ PCR）に応用すると、ウイルス感染が潜伏性か産生性かを判断することができ、さらにサイトカインmRNAの発現という形で宿主反応を検出することができる。 これらの方法論により、（1）AIDSを定義する症状が現れる前に、HIV-1によるCD4細胞の大量感染があること、（2）AIDSの進行は、生産的感染細胞と潜在的感染細胞の比率の増加によって証明されるように、CD4細胞の破壊の進行によって特徴づけられること、が明らかになった。 (3）子宮頸部、肺、中枢神経系、骨格筋におけるウイルスの主要な標的はマクロファージとその誘導体である、4）AIDS認知症などのAIDS関連疾患は、多くのウイルス感染細胞と、主に隣接する非感染細胞における多種多様なサイトカインのアップレギュレーションの両方が特徴である。 本章では、パラフィン包埋組織切片におけるHIV-1 DNAおよびRNAの検出方法と、ウイルスの侵入に対する宿主応答を明らかにするために必要なコロケーション実験について説明する。