Il rilevamento del provirus HIV-1 che può integrarsi nel nucleo di una cellula ospite e rimanere latente per anni è problematico. La soglia dell’ibridazione in situ, che è di circa 10 copie per cellula, è troppo alta per rilevare una copia integrata del provirus. Anche se la reazione a catena della polimerasi (PCR) può rilevare 1 provirus ogni 100.000 cellule, non può determinare la specifica localizzazione cellulare del virus. Questi problemi possono essere risolti con l’ibridazione in situ della PCR. L’adattamento di questo metodo al rilevamento dell’RNA (PCR in situ con trascrittasi inversa) permette di determinare se l’infezione virale è latente o produttiva e di rilevare la risposta dell’ospite sotto forma di espressione di mRNA di citochine. Queste metodologie hanno dimostrato che (1) c’è un’infezione massiccia delle cellule CD4 da parte dell’HIV-1 prima della sintomatologia che definisce l’AIDS, (2) la progressione dell’AIDS è caratterizzata dalla progressiva distruzione delle cellule CD4, come evidenziato da un aumento del rapporto tra cellule infettate in modo produttivo e latente, (3) il bersaglio primario del virus nella cervice uterina, nei polmoni, nel sistema nervoso centrale e nel muscolo scheletrico è il macrofago e i suoi derivati, e (4) le malattie correlate all’AIDS come la demenza da AIDS sono caratterizzate sia da molte cellule infettate dal virus che dall’upregulation di un’ampia varietà di citochine, principalmente nelle cellule vicine non infette. Questo capitolo descriverà le metodologie per rilevare il DNA e l’RNA dell’HIV-1 nelle sezioni di tessuto incluse nella paraffina, nonché gli esperimenti di colabeling necessari per definire la risposta dell’ospite all’invasione virale.