Nel 1636, la baia di Gowanus – chiamata così da Gauwane (Gouwane, lit. ‘il dormiglione’), un indiano Canarsee – fu il sito del primo insediamento di agricoltori olandesi in quella che è ora Brooklyn. Gli stagni delle praterie di Gowanus servivano per azionare i mulini a macina alimentati dalle maree dei primi coloni, che erano situati lungo il Gowanus Creek. Durante la guerra rivoluzionaria americana, Gowanus fu teatro di combattimenti nella battaglia di Long Island e i soldati americani si posizionarono a Gowanus Heights (ora Park Slope), dove avevano piena vista delle navi britanniche che approdavano nella baia. Negli anni 1860 il Gowanus Creek fu trasformato nel Gowanus Canal, e l’area divenne un centro di produzione e spedizione. Come risultato dell’industria lungo il canale e l’istituzione di un sistema fognario combinato che scaricava le acque reflue direttamente in un deflusso designato alla testa del canale, il quartiere è stato definito dal canale inquinato. Dopo la seconda guerra mondiale, il declino della navigazione nel porto di Red Hook e della produzione intorno a New York City spinse la grande industria ad andarsene e cambiò la vivacità dell’industria a Gowanus. Alla fine degli anni ’40, il quartiere è diventato il sito di diversi progetti abitativi NYCHA, che sono stati costruiti in parte per ospitare i veterani della seconda guerra mondiale di ritorno.
L’acqua e gran parte del terreno lungo le rive del Gowanus Canal sono stati gravemente inquinati dai deflussi fognari combinati (CSO) lungo il canale progettati per scaricare le acque reflue e le acque piovane quando l’impianto di trattamento delle acque reflue è sopraffatto, così come da decenni di uso industriale e vasta produzione di gas di carbone durante la fine del XIX secolo. Il Gowanus Canal era anche una presunta discarica della mafia. Nonostante ciò, all’inizio degli anni ’80, accanto al canale, una vecchia fabbrica di munizioni del 19° secolo al 230 di 3rd Street a Gowanus divenne il sito dell’imponente Gowanus Memorial Artyard, i cui resti sono ancora visibili. Dopo decenni di inquinamento industriale combinato con la contaminazione dei liquami, l’Agenzia per la protezione dell’ambiente ha designato il Gowanus Canal come sito Superfund nel 2010, stanziando 506 milioni di dollari per la pulizia. La data di completamento della bonifica è fissata per il 2022.