1636-ban a Gowanus-öböl – amely a kanári indián Gauwane (Gouwane, szó szerint ‘az alvó’) után kapta nevét – volt az első holland farmerek által létrehozott település a mai Brooklyn területén. A Gowanus rétek tavai a korai telepesek árapály által hajtott malmainak meghajtására szolgáltak, amelyek a Gowanus patak mentén helyezkedtek el. Az amerikai függetlenségi háború idején Gowanus volt a Long Island-i csata színhelye, és az amerikai katonák a Gowanus Heightsban (ma Park Slope) helyezkedtek el, ahonnan teljes rálátásuk volt az öbölben partra szálló brit hajókra. Az 1860-as években a Gowanus Creekből a Gowanus-csatornát alakították ki, és a terület a gyártás és a hajózás központjává vált. A csatorna menti ipar és a kombinált csatornarendszer kiépítése következtében, amely a szennyvizet közvetlenül a csatorna fejénél lévő kijelölt kifolyóba vezette, a környéket a szennyezett csatorna határozta meg. A második világháború után a Red Hook kikötőjében a hajózás és a New York City környéki gyártás hanyatlása a nagyipar távozására késztette a nagyvállalatokat, és megváltoztatta a Gowanusban lévő ipar élénkségét. Az 1940-es évek végén a környék több NYCHA lakásprojekt helyszíne lett, amelyeket részben a második világháborús veteránok hazatérésére építettek.
A Gowanus-csatorna partjainál a víz és a föld nagy része súlyosan szennyezett a csatorna mentén a szennyvíz- és csapadékvíz elvezetésére tervezett kombinált szennyvízelvezetések (CSO) miatt, amikor a szennyvíztisztító telep túlterhelt, valamint a 19. század végén az évtizedes ipari használat és a kiterjedt széngázgyártás miatt. A Gowanus-csatorna a maffia állítólagos szemétlerakóhelye is volt. Ennek ellenére az 1980-as évek elején a csatorna mellett, a Gowanus 230 3rd Street 230. szám alatt található régi, 19. századi lőszergyár lett a hatalmas Gowanus Memorial Artyard helyszíne, amelynek maradványai ma is láthatók. Az évtizedekig tartó, szennyvízszennyezéssel kombinált ipari szennyezés után a Környezetvédelmi Ügynökség 2010-ben a Gowanus-csatornát Superfund-területnek nyilvánította, és 506 millió dollárt különített el a tisztításra. A tisztítás befejezésének határidejét 2022-re tűzték ki.