A gazdasejt magjába integrálódó és évekig látens HIV-1 provírus kimutatása problémás. Az in situ hibridizáció küszöbértéke, amely körülbelül 10 kópia/sejt, túl magas a provírus egyetlen integrált példányának kimutatásához. Bár a polimeráz láncreakció (PCR) 100 000 sejtenként 1 provírust képes kimutatni, nem tudja meghatározni a vírus specifikus sejtszintű lokalizációját. Ezek a problémák PCR in situ hibridizációval oldhatók meg. Ha ezt a módszert RNS kimutatására adaptáljuk (reverz transzkriptáz in situ PCR), akkor meghatározható, hogy a vírusfertőzés látens vagy produktív-e, valamint kimutatható a gazdaszervezet válasza citokin mRNS-expresszió formájában. Ezek a módszerek kimutatták, hogy (1) a CD4-sejtek tömeges HIV-1-fertőzése az AIDS-et meghatározó tüneteket megelőzően történik, (2) az AIDS progresszióját a CD4-sejtek progresszív pusztulása jellemzi, amit a produktívan és látensen fertőzött sejtek arányának növekedése bizonyít, (3) a vírus elsődleges célpontja a méhnyakon, a tüdőben, a központi idegrendszerben és a vázizomzatban a makrofág és származékai, és (4) az AIDS-szel kapcsolatos betegségeket, mint például az AIDS-demencia, mind a sok vírusfertőzött sejt, mind a citokinek széles skálájának upregulációja jellemzi, elsősorban a szomszédos nem fertőzött sejtekben. Ez a fejezet ismerteti a HIV-1 DNS és RNS paraffinba ágyazott szöveti metszetekben történő kimutatásának módszereit, valamint a vírusinvázióra adott gazdaszervezeti válasz meghatározásához szükséges színjelölési kísérleteket.