Le coronavirus est-il en train de muter ? Oui. Mais voici pourquoi vous n’avez pas besoin de paniquer

Dans les romans et les films, les agents pathogènes infectieux mutent et deviennent inévitablement plus dangereux. Dans le film à succès Contagion, par exemple, un virus mortel subit une mutation en Afrique qui fait grimper en flèche le nombre de morts dans le monde en quelques jours.

La réalité, cependant, est beaucoup moins théâtrale.

Au cours des derniers mois, quelques groupes de recherche ont affirmé avoir identifié de nouvelles souches du coronavirus, appelé SRAS-CoV-2, qui infecte des personnes dans le monde entier. Cela semble effrayant.Mais non seulement il est parfois difficile de déterminer si un changement équivaut à une « nouvelle souche », mais aucune des modifications signalées du virus ne s’est avérée le rendre plus dangereux.

Ceci a entraîné une grande confusion dans le grand public. Chaque fois que de telles études font surface, des craintes surgissent, et les experts en virus s’empressent d’expliquer que les changements dans le plan génétique d’un virus, ou génome, se produisent tout le temps. Le coronavirus ne fait pas exception.

« En fait, cela signifie simplement que c’est normal », déclare Kari Debbink, virologue à la Bowie StateUniversity dans le Maryland. « Nous nous attendons à ce que les virus évoluent. Mais toutes ces mutations ne sont pas significatives. »

Voici ce que signifie trouver des mutations dans le nouveau coronavirus, et quelles sont les preuves nécessaires pour réellement lever un drapeau rouge.

Premièrement, une mutation est juste un changement

La plupart du temps, les mutations ne font rien du tout à un virus.

Les virus sont simplement des enveloppes de protéines qui contiennent soit de l’ADN soit de l’ARN comme matériel génétique. Dans le cas du SRAS-CoV-2, il s’agit d’ARN. Les éléments constitutifs de l’ARN, appelés nucléotides, sont disposés en triplets, appelés codons. Ces trios de nucléotides fournissent le code pour la construction des acides aminés, qui constituent les protéines du virus. Une mutation est une modification de l’un de ces nucléotides dans le matériel génétique du virus – dans le cas du SRAS-CoV-2, l’un des quelque 30 000 nucléotides.

Parfois, une mutation en atriplet est silencieuse, ce qui signifie que le codon code toujours pour le même acide aminé. Mais même lorsqu’un acide aminé change, le virus peut ne pas se comporter de manière manifestement différente. Certaines mutations peuvent également donner naissance à des virus dysfonctionnels qui disparaissent rapidement.

Et en fait, ces changements peuvent être utiles pour retracer le parcours du virus dans le monde, ce que les chercheurs font depuis que des experts chinois ont publié la première séquence génétique du coronavirus en janvier (SN : 13/2/20). Les scientifiques déchiffrent, ou séquencent, l’ARN du virus pour suivre les changements au fur et à mesure qu’il infecte de plus en plus de personnes.Ils peuvent alors suivre où et comment le coronavirus se propage dans une population,et surveiller les changements ultérieurs dans sa génétique.

Les épidémiologistes sont intéressés par le suivi des mutations même si elles ne modifient pas la protéine, explique Emma Hodcroft, épidémiologiste moléculaire à l’Université de Bâle en Suisse. « Mais cela ne signifie pas qu’il s’agit d’une nouvelle souche ou que c’est un virus qui se comporte différemment ».

Une nouvelle « souche » de virus ne signifie pas grand-chose

Le terme « souche » est « utilisé de manière très, très vague par la plupart des scientifiques », dit Hodcroft. Il n’existe pas vraiment de définition stricte du mot « souche », en particulier lorsqu’il s’agit de virus. Les experts pourraient simplement faire référence à des virus qui ne sont pas génétiquement identiques, ce qui revient à parler de personnes différentes.

Les virus changent constamment.Lorsqu’un virus infecte une cellule, il commence à faire des copies de ses instructions génétiques. La plupart des virus n’ont pas les outils nécessaires pour relire chaque chaîne d’ARN à la recherche d’erreurs, le processus est donc sujet aux erreurs et les différences s’accumulent au fil du temps.

Les coronavirus comme leSARS-CoV-2, en revanche, possèdent une enzyme de relecture – une rareté pour les virus à ARN. Mais cela ne signifie pas que leurs génomes ne comportent pas d’erreurs. Les modifications s’accumulent toujours, mais plus lentement que dans d’autres virus à ARN comme la grippe. « Souches », « variantes » ou « lignées » sont autant de termes que les chercheurs pourraient utiliser pour décrire des virus dont les chaînes d’ARN sont identiques ou très proches.

Mais pour le grand public, un mot comme « souche » est souvent interprété comme signifiant un tout nouveau fléau. « Je pense que l’utilisation du terme « souche » ne fait guère plus que provoquer la panique », déclare JeremyLuban, virologue à la faculté de médecine de l’Université du Massachusetts àWorcester. « Cela ne permet pas vraiment d’aborder les questions importantes ».

La plupart des mutations ne sont pas dangereuses

Une mutation peut affecter un virus de plusieurs façons, mais seuls certains types de mutations pourraient rendre le virus plus dangereux pour les gens. Peut-être que la modification protège le virus du système immunitaire ou le rend résistant aux traitements. Les mutations pourraient également modifier la facilité avec laquelle le virus se propage parmi les gens ou provoquer des changements dans la gravité de la maladie.

Par chance, de telles mutations sont rares. Malheureusement, elles peuvent être difficiles à identifier.

Une étude préliminaire publiée le 5 mai sur bioRxiv.org, par exemple, a trouvé une mutation dans la pointe du SRAS-CoV-2, une protéine à l’extérieur du coronavirus qui lui permet de pénétrer dans les cellules. Cette nouvelle variante est désormais plus fréquente dans des pays comme l’Europe et les États-Unis que la forme originale du coronavirus. Cela pourrait signifier que cette modification rend le virus plus transmissible, ont conclu les auteurs. Mais l’étude manque d’expériences de laboratoire pour étayer cette affirmation.

D’autres explications pourraient également expliquer ce schéma. La variante du SRAS-CoV-2 présentant la mutation pourrait s’être retrouvée dans certaines régions grâce au hasard – une personne infectée par un virus présentant la nouvelle mutation est montée par hasard dans un avion – et pourrait ne rien avoir à voir avec le virus lui-même. L’étude n’a pas fourni suffisamment de preuves pour distinguer entre ces possibilités.

« Ce qui, je pense, a été potentiellement déroutant pour les gens, c’est que nous observons ce processus très normal de transmission et de mutation en temps réel », déclare Louise Moncla, épidémiologiste de l’évolution au Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle. « Et il y a ce réel désir de comprendre si ces mutations ont une quelconque différence fonctionnelle ».

« Respirez profondément », disent les experts, et attendez-vous à des mutations

Pour comprendre si une seule mutation change le fonctionnement du virus, « il ne s’agira pas d’une seuleexpérience », déclare Debbink, virologue à Bowie State. « Outre l’examen des séquences génétiques des virus provenant de patients atteints de coronavirus dans le monde entier, les chercheurs s’appuieront également sur des études réalisées sur des cellules ou des animaux cultivés en laboratoire. Ces études pourraient aider à déterminer si les virus présentant des mutations particulières se comportent différemment. Les expériences de compétition – où deux virus différents sont mélangés dans des cellules dans un plat ou utilisés pour infecter un animal – peuvent aider les scientifiques à déterminer quelle variante réussit le mieux à faire des copies de lui-même, c’est-à-dire laquelle « gagne ».

D’autres types de tests pourraientrévéler si des mutations dans la protéine spike du coronavirus modifient la force de son attachement à la protéine des cellules humaines qui lui permet de pénétrer à l’intérieur des cellules, indique le virologueLuban (SN : 2/3/20), ou si les changementsmodifient la facilité avec laquelle le virus pénètre dans une cellule après s’être attaché.

Mais les résultats de laboratoire pourraient ne pas fournir une image complète non plus. « Ce n’est pas parce que quelque chose est différent dans une cellule que cela signifie nécessairement que c’est différent quand on transpose cela à l’ensemble du corps humain », dit Hodcroft. « En fin de compte, vous aurez besoin d’études sur les animaux ou de très bonnes données humaines ».

Ces études prennent du temps. En attendant, il est certain que d’autres mutations du coronavirus apparaîtront au cours des prochains mois – et les experts continueront à les traquer.

« Les données nous diront si nous devons nous inquiéter, et de quelle manière nous devons nous inquiéter », dit Moncla. « Tout le monde devrait respirer profondément et se rendre compte que c’est exactement ce que nous nous sommes toujours attendus à voir arriver, et que nous n’avons pas nécessairement besoin de nous inquiéter. »

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