Der Sturz der spanischen Herrschaft durch die Vereinigten Staaten im Jahr 1898 führte dazu, dass die Filipinos glaubten, die am 12. Juni 1898 proklamierte Unabhängigkeit ihres Landes sei garantiert. Es wurde eine Nationalflagge angenommen, die sich von den revolutionären Bannern, die einige Jahre zuvor verwendet worden waren, deutlich unterschied. Am Hisspunkt befand sich ein weißes Dreieck, das die Freiheit symbolisierte und wahrscheinlich auf die freimaurerische Symbolik zurückging. Es trug eine goldene Sonne und drei goldene Sterne, die für die drei Hauptgebiete der Philippinen standen – die Inselgruppe Luzon im Norden, die Visayan-Gruppe im Süden und die südliche Hauptinsel Mindanao. Die acht Sonnenstrahlen standen für die Provinzen, in denen der ursprüngliche antispanische Aufstand ausgebrochen war. Der Rest der Flagge bestand aus horizontalen Streifen in Blau (für die Bereitschaft, sich für die Freiheit zu opfern) über Rot (für den Mut).
Die erste Republik wurde schließlich von den Vereinigten Staaten unterdrückt, und ihre Flagge wurde zwischen 1907 und 1920 geächtet. Im Jahr 1936 nahm der neue Commonwealth der Philippinen diese Flagge in Erwartung der späteren Unabhängigkeit an. Unter der japanischen Besatzung wurde die philippinische Flagge zunächst verboten und dann am 14. Oktober 1943, als die japanisch kontrollierte zweite Republik ausgerufen wurde, offiziell anerkannt. Filipinos, die sich der japanischen Herrschaft widersetzten, zeigten die Flagge mit dem blauen Streifen nach unten und dem roten Streifen nach oben (d. h. sie hissten die Flagge verkehrt herum). Schließlich gewährten die Vereinigten Staaten den Philippinen am 4. Juli 1946 unter der Flagge von 1898 die Unabhängigkeit. 1985 änderte Präsident Ferdinand Marcos den Blauton der Flagge von dunkel auf hell, weil er glaubte, dass die ersten Flaggen der Republik hellblau gewesen seien. Seine Nachfolgerin, Corazon Aquino, machte die Änderung wieder rückgängig, aber am 16. September 1997, im Vorgriff auf das hundertjährige Bestehen der ursprünglichen philippinischen Flagge, wurde der obere Streifen erneut geändert, und zwar von dunklem Marineblau in ein helleres Königsblau.