Die Miniermotte schädigt die Pflanzen sowohl direkt als auch indirekt. Der direkteste Schaden entsteht dadurch, dass die Larven das Blattgewebe abbauen, was zu Austrocknung, vorzeitigem Blattfall und kosmetischen Schäden führt. In tropischen und subtropischen Gebieten kann dies bei Früchten wie Tomaten und Melonen zu Verbrennungen führen. Der Verlust von Blättern verringert auch den Ertrag. Bei ausgewachsenen Pflanzen von Fruchtgemüsekulturen kann jedoch eine beträchtliche Menge an Blättern beschädigt werden, bevor die Ernte beeinträchtigt wird.
Die Größe eines Blatttunnels hängt vom Entwicklungsstadium des Blattes, der Art der Wirtspflanze und der Art der Miniermotte ab. Die älteren Larven bauen breitere Tunnel. Auch die Fraßstellen der erwachsenen Weibchen können den Ertrag mindern, obwohl dies außer bei Zierpflanzen in der Regel von geringerer Bedeutung ist. Sämlinge und Jungpflanzen können durch die direkten Schäden der Miniermotten vollständig zerstört werden.
Indirekte Schäden entstehen, wenn krankheitserregende Pilze oder Bakterien über die Fraßstellen in das Pflanzengewebe gelangen. Die Minen der Erbsenminiermotte (Liriomyza huidobrensis) verlaufen oft entlang der Mittel- und Seitenadern, können aber auch unregelmäßig über das Blatt verlaufen. Wenn mehrere Minen auf einem Blatt erscheinen, kann sich eine große „Plattenmine“ bilden. Diese befinden sich meist an der Basis des Blattes.