Während im Allgemeinen das Seitenhorn für angeborene Verhaltensreaktionen auf Geruchsreize und die Pilzkörper für erlerntes Verhalten verantwortlich gemacht werden, gibt es jetzt immer mehr Beweise dafür, dass es zwischen den beiden Regionen Überschneidungen gibt, was bedeutet, dass die wahre Natur komplizierter ist als das.
Wenn ein Insekt auf einen Geruch trifft, auf den es keine angeborene oder erlernte Reaktion hat (ein unkonditionierter Reiz), werden die Signale über die projizierenden Neuronen zu den Kenyon-Zellen der Pilzkörper gesendet. Die Kenyon-Zellen regulieren (unter anderem) den „Gedächtniserwerb, die Konsolidierung und den Abruf von Kurz- und Langzeitgedächtnis“. Der Grund dafür ist derzeit nicht bekannt, aber dieselben projizierenden Neuronen, die mit diesen Kenyon-Zellen synaptieren, synaptieren auch mit den Zellen im Seitenhorn. Dies ist ein weiterer Beweis für eine kompliziertere Verbindung zwischen dem Seitenhorn und erlernten Verhaltensweisen.
Der Austausch zwischen dem Seitenlappen und den Pilzkörpern verleiht erlernten und angeborenen Verhaltensreaktionen zusätzliche Flexibilität. Ein Geruch kann mit einem attraktiven Verhalten in Verbindung gebracht werden, was die meisten Insekten einer Art dazu veranlasst, sich in Richtung der Geruchsquelle zu bewegen, doch einige Individuen können sich aufgrund einer früheren negativen Begegnung mit dem Geruch von diesem entfernen. Das erlernte Verhaltenssignal von den Pilzkörpern kann also das angeborene Verhaltenssignal, das vom Seitenhorn ausgeht, überlagern.
Umgekehrt kann das angeborene Verhaltenssignal vom Seitenhorn auch das erlernte Verhaltenssignal von den Pilzkörpern überlagern. Die Integration von erlernten und angeborenen Verhaltensreaktionen ist beispielsweise bei sozialen Insekten wie den Honigbienen besonders wichtig. Honigbienen verwenden Pheromone und bestimmte Körperbewegungen, um mit anderen Mitgliedern des Bienenstocks zu kommunizieren. Bienen lernen, welche Blumendüfte mit guten Nektarquellen assoziiert werden (was zu dem Verhalten des Ausfahrens des Rüssels führt), aber wenn sie dem Stachelalarm-Pheromon ausgesetzt sind, das von anderen Bienen ausgesandt wird, während sie lernen, welche Blumendüfte mit der meisten Nahrung assoziiert werden, wird ihr Lernprozess beeinträchtigt. Dies liegt daran, dass das mit dem Stachelalarm-Pheromon verbundene „Stopp“-Verhalten eine angeborene, durch das Seitenhorn vermittelte Reaktion ist, die stark genug ist, um das erlernte Fressverhalten zu überlagern.