Er wurde in der dritten Runde des NFL-Drafts 1973 als 64. ausgewählt und führte die Chargers von 1979 bis 1982 in die Playoffs und zweimal in das AFC-Titelspiel (1980 und 1981). In dieser Zeitspanne belegte San Diego in jeder Saison einen Platz unter den Top 4 der NFL bei den erzielten Punkten und führte zweimal die Liga an. Fouts führte die Liga viermal in Passing Yards an und beendete seine Karriere mit über 40.000 Yards als dritter Spieler, der diese Marke übertraf. Er wurde 1993 in die Pro Football Hall of Fame gewählt.
Fouts wurde sechsmal in die Pro Bowl gewählt (1979, 1980, 1981, 1982, 1983, 1985) und erreichte drei Jahre lang (1981-83) eine Passquote von über 90,0. Er war der erste NFL-Spieler, der in drei aufeinanderfolgenden Spielzeiten (1979-1981) mehr als 4.000 Passing Yards erzielte, führte die NFL in vier aufeinanderfolgenden Spielzeiten (1979-1982) bei den Passing Yards an und übertraf sechsmal die 20-Touchdown-Marke, wobei er 1981 mit 33 Touchdowns sein Karrierehoch erreichte. Sein Karrierehöchstwert von 4.802 Passing Yards in der Saison 1981 war zu dieser Zeit ein NFL-Rekord.
Fouts stellte in drei aufeinanderfolgenden Saisons von 1979 bis 1981 mit insgesamt 4.082, 4.715 und 4.802 Yards den NFL-Rekord für Passing Yards auf. Damit brach er Joe Namaths professionellen Rekord von 4.007 Yards, der 1967 in der American Football League aufgestellt wurde, und Dan Marino brach Fouts‘ Rekord 1984 mit 5.084 Yards. Die Chargers waren 1979 der erste Meister der AFC Western Division, der mehr Passspielzüge (541) als Rushing-Spielzüge (481) durchführte. Bei der Wahl der Associated Press (AP) zum wertvollsten Spieler (MVP) der NFL und zum Offensivspieler des Jahres belegte Fouts den zweiten Platz hinter Earl Campbell. In der folgenden Saison stellte Fouts einen NFL-Rekord mit acht Spielen mit 300 Yards oder mehr Pässen auf und wurde der erste Quarterback, der in einer Saison 30 Touchdowns warf, seit Daryle Lamonica 1969. In der Saison 1982, die wegen eines Streiks auf 9 Spiele verkürzt wurde, erzielte Fouts durchschnittlich 320 Yards pro Spiel, ein NFL-Rekord, der bis Drew Brees‘ 342,25 Yards im Jahr 2011 Bestand hatte. Zu den Höhepunkten der Saison gehörten zwei Siege gegen die Super-Bowl-Teams von 1981, San Francisco (41:37) und Cincinnati (50:34), in denen Fouts in jedem Spiel über 400 Yards warf und die Chargers zu Shootout-Siegen führte. In dieser Saison wurde er von der Pro Football Writers Association und der Newspaper Enterprise Association zum MVP der NFL gewählt. In der AP-Wahl belegte er den zweiten Platz hinter Mark Moseley, dem einzigen Kicker, der diese Auszeichnung jemals erhalten hatte. AP wählte ihn jedoch zum Offensive MVP der Liga, ebenso wie Pro Football Weekly.
Fouts wurde sowohl 1979 als auch 1982 in die All-Pro-Liga gewählt und 1980 und 1985 in die zweite All-Pro-Liga. Außerdem wurde Fouts 1981 und 1983 zum 2nd Team All-AFC ernannt. Fouts und die Chargers verloren jedoch beide AFC Championship Games, in denen sie spielten.
Fouts‘ erste Jahre in der Liga waren wenig verheißungsvoll, aber mit der Ankunft von Head Coach Don Coryell im Jahr 1978 wendete sich das Blatt für die Chargers. Doch die Saat des Erfolgs war bereits zwei Jahre zuvor mit der Ankunft von Bill Walsh als Offensive Coordinator der Chargers gelegt worden. Unter Coryell waren die Chargers als „Air Coryell“ für ihr tiefes Passspiel und die Einbeziehung der Tight Ends als wichtige Empfänger bekannt. Dies erforderte einen harten, intelligenten Quarterback mit einem starken Arm. Fouts entsprach dieser Anforderung.
Fouts war kein beweglicher Quarterback und das tiefe Passspiel führte zu vielen Treffern. Der berühmte Trainer Bill Walsh, der 1976 Assistenztrainer der Chargers war, sagte: „Dan Fouts hatte eine kühle, stählerne Nervenstärke und Mut … Er musste eine Menge Schläge einstecken, eine Menge Prügel, aber er spielte weiter, ob verletzt oder nicht. Er spielte mehr physischen Football als jeder andere in seinem Team, einschließlich der Linebacker“. Fouts spielte nur selten mit der Shotgun, sondern ließ sich vom Center zurückfallen und suchte sich einen der vielen großartigen Receiver aus. Wide Receiver Charlie Joiner und Tight End Kellen Winslow waren die berühmtesten, beide sind heute in der Hall of Fame, aber auch John Jefferson und Wes Chandler spielten eine wichtige Rolle. Fouts‘ Pässe ermöglichten es Winslow, die NFL zweimal (1980 und 1981) anzuführen, während Winslow (1982) und Lionel James (1985) die AFC bei zwei weiteren Gelegenheiten zusammen anführten. James stellte 1985 den (inzwischen gebrochenen) NFL-Rekord für Receiving-Yards eines Running Backs mit 1.027 auf. Jefferson war der erste Receiver, der in jeder seiner ersten drei Spielzeiten in der NFL 1.000 Yards erzielen konnte. Sowohl Jefferson (1980) als auch Chandler (1982) führten die NFL bei den Receiving-Yards an. Chandlers Durchschnitt von 129 Receiving-Yards pro Spiel im Jahr 1982 ist immer noch ein Ligarekord. Sowohl Jefferson (1978, 1980) als auch Chandler (1982) führten die NFL bei den Receiving-TDs an. Im Jahr 1980 waren Winslow, Jefferson und Joiner das erste Trio im selben Team, das in einer Saison 1.000 Yards erzielen konnte. Als er 1986 in den Ruhestand ging, war Joiner mit 750 Receivern der beste Receiver aller Zeiten in der NFL.
Die Passsicherheit war für eine solche Offensive ebenfalls entscheidend. Die Chargers hatten eine exzellente Offensive Line, die Fouts gut schützte und zu der der viermalige Pro Bowler Ed White, der fünfmalige Pro Bowler Russ Washington, der dreimalige Pro Bowler Doug Wilkerson, Billy Shields und Don Macek gehörten. Die Chargers führten die Liga bei den Passing Yards in 6 aufeinanderfolgenden Jahren von 1978 bis 1983 und erneut 1985 unter Fouts an. Sie führten die Liga auch bei den Gesamt-Yards in der Offensive 1980-1983 und 1985 an.
Obwohl die Chargers von 1979 bis 1982 die Playoffs erreichten und an zwei AFC Championship Games teilnahmen, schafften sie es unter Fouts nie in die Super Bowl (obwohl sie es sieben Jahre nach seinem Rücktritt schafften). Normalerweise wird dies auf die schlechte Verteidigung und die mangelnde Bereitschaft, den Ball laufen zu lassen, zurückgeführt. Zu Fouts‘ besten Zeiten war die Verteidigung nicht so hervorragend, aber das Laufspiel wurde durch die Verpflichtung von Chuck Muncie, der 1980 aus New Orleans gehandelt wurde, und die Verpflichtung von James Brooks aus Auburn 1981 deutlich verbessert. Allerdings musste die Defense einen Verlust hinnehmen, als Fred Dean, ein All-Pro-Sack-Spezialist, 1981 im Rahmen eines Vertragsstreits an die San Francisco 49ers verkauft wurde. Dean wurde in jenem Jahr zum UPI NFC Defensive Player of the Year gewählt (obwohl er nur in 11 Spielen zum Einsatz kam) und verhalf den 49ers drei Jahre später zu einem weiteren Super Bowl-Sieg und einem weiteren Super Bowl-Titel. Dean wurde später in die Hall of Fame aufgenommen.
„Ich kann nicht sagen, wie sehr es uns beeinträchtigt hat, weil wir es bis zum AFC-Meisterschaftsspiel geschafft haben“, sagte Chargers‘ All-Pro Defensive Lineman Gary „Big Hands“ Johnson über den Verlust von Dean. „Aber ich könnte sagen, wenn wir mehr Pass Rush aus der Ecke gehabt hätten, wäre es vielleicht anders gelaufen.“ U-T San Diego bezeichnete den Trade 2013 als „den vielleicht größten Fehler in der Geschichte der Franchise“. Fouts selbst wäre 1983 aufgrund eines Vertragsstreits fast an die Baltimore Colts im Tausch gegen die Rechte an John Elway gehandelt worden, doch man einigte sich auf eine Verlängerung und Elway wurde stattdessen an die rivalisierenden Denver Broncos verkauft.
Insgesamt erzielten die Chargers unter Fouts, der in allen bis auf zwei dieser Spiele für mehr als 300 Yards warf, drei Siege und vier Niederlagen in den Playoffs. Einer der bemerkenswertesten Siege war das als „The Epic“ bekannte Playoff-Spiel 1982 in Miami, in dem Fouts sein Team zu einem 41:38-Sieg führte, indem er 33 von 53 Pässen für einen Franchise-Rekord von 433 Yards und 3 Touchdowns an diesem heißen und feuchten Tag abschloss. Seine Abschlüsse, Versuche und Yards in diesem Spiel waren zu diesem Zeitpunkt alle NFL-Postseason-Rekorde. In der darauffolgenden Woche im AFC-Meisterschaftsspiel in Cincinnati sank die Temperatur im Vergleich zur Vorwoche in Miami um 92 °F, und die Chargers verloren mit 27:7 in der so genannten Freezer Bowl.
In der folgenden Saison warf er für 333 Yards und 3 Touchdowns bei einem 31:28-Sieg über die Pittsburgh Steelers in der AFC Wild Card-Runde. Fouts‘ Playoff-Karriere endete im AFC Divisional Playoff-Spiel gegen Miami, wo er 5 Interceptions und nur einen Touchdown-Pass warf. Fouts spielte noch vier weitere Saisons bei den Chargers und trat 1987 nach 15 Jahren in den Ruhestand. Er beendete seine Karriere als Rekordhalter der Chargers in Sachen Passing Yards und Touchdowns mit 43.040 bzw. 254 Punkten.