Auf dem Heimweg mit seiner Mutter Vinn von einer Reise nach Berlin wird Michael Gant, der Sohn des Direktors der Defense Intelligence Agency (DIA), Robert Gant, entführt, und sein Sicherheitsteam wird von dem Angreifer, dem ehemaligen DIA-Agenten Sever, ausgelöscht. Der FBI-Agent Jeremiah Ecks hat die Behörde verlassen, nachdem seine Frau Rayne bei einem Autobombenanschlag getötet wurde. Sein alter Chef, Julio Martin, bittet ihn, den Fall Gant zu untersuchen. Er behauptet, Rayne sei noch am Leben und werde Ecks die Informationen über ihren Aufenthaltsort geben, wenn er ihm helfe, Sever zur Strecke zu bringen. Ecks stimmt zu und findet heraus, dass Sever ein verwaistes chinesisches Mädchen ist, das die DIA adoptiert hat, um es zu einem verdeckten Agenten und Attentäter ohne Angst, Gewissen und Moral“ auszubilden. In der Zwischenzeit lässt Robert Gant den einzigen Überlebenden des Sicherheitsteams seines Sohnes hinrichten. Anschließend beauftragt er seine Eliteagenten unter der Leitung von A. J. Ross, Sever zu verfolgen und Michael zu retten.
Ecks trifft Martin und den CSIS-Agenten Harry Lee in Vancouver, wo Sever sich versteckt hält. Ecks erfährt, dass Gant eine experimentelle Waffe mit dem Codenamen Softkill gestohlen hat, einen Nanoroboter, der im menschlichen Kreislaufsystem arbeitet und nach Belieben Herzinfarkte auslösen kann. Gant hatte Softkill in Michael implantiert, um ihn in die Vereinigten Staaten zu schmuggeln. Ross und seine Männer umzingeln Sever in einem Einkaufszentrum, aber sie setzt Ross‘ Truppen in einem langen Feuergefecht außer Gefecht. Sever erschießt Martin, und Ecks verfolgt Sever, was in einem Kampf gipfelt, der abgebrochen wird, als Ross mit einem M60-Maschinengewehr auf sie schießt und Sever die Möglichkeit zur Flucht gibt.
Ecks wird von der Polizei von Vancouver unter dem Vorwand verhaftet, er habe Martin getötet. Während des Transports ins Gefängnis wird sein Konvoi von Sever angegriffen, der Ecks befreit. Nach einer langen Verfolgungsjagd teilt Sever Ecks mit, dass sie auf seiner Seite ist und gibt ihm den Aufenthaltsort seiner Frau. Ecks trifft Rayne in einem Aquarium und es stellt sich heraus, dass ihr „Tod“ von Gant inszeniert wurde. Rayne glaubte am Ende, Ecks sei gestorben, während er dachte, sie sei tot. Rayne heiratete daraufhin Gant unter dem Namen Vinn. Es stellt sich heraus, dass Gant Sewers Familie töten ließ; zunächst wurde angenommen, dass die Entführung von Michael Sewers Rache war. Rayne enthüllt jedoch, dass Michael in Wirklichkeit Ecks‘ Sohn ist und Sévers Entführung zu seinem Schutz geschah.
Ecks, Rayne und Sever begeben sich zu Sévers unterirdischem Bunker in einem verlassenen Rangierbahnhof, wo Rayne mit Michael wiedervereint wird. Gant und Ross treffen mit einer Armee schwer bewaffneter DIA-Agenten ein, und es kommt zu einem heftigen Kampf. Ecks und Sever gewinnen schließlich die Oberhand, und Sever tötet Ross in einem Kampf im Bunker. Gant versucht, den Softkill in Michaels Arm zu bergen, stellt aber überrascht fest, dass er nicht dort ist. Sever tötet Gant mit einer mit Softkill geladenen Kugel und entkommt, als die Polizei eintrifft. Der Film endet damit, dass Ecks und Sever über das Meer blicken und Ecks Sever dafür dankt, dass er ihn mit seiner Familie wieder zusammengebracht hat.