În a doua parte a secolului al XX-lea, cazul împotriva lui Hauptmann a făcut obiectul unei examinări serioase. De exemplu, un element de probă la procesul său a fost un număr de telefon mâzgălit pe o tablă din dulapul său, care era numărul celui care a livrat răscumpărarea, John F. Condon. Un jurat de la proces a declarat că acesta a fost singurul element care l-a convins cel mai mult, dar unii scriitori susțin că un reporter a recunoscut ulterior că el însuși a scris numărul. Cu toate acestea, nu există nicio dovadă în acest sens, iar Hauptmann a recunoscut că a mâzgălit numărul lui Condon după ce l-a văzut într-un ziar, susținând că a făcut acest lucru din interes pentru acest caz. De asemenea, se susține că martorii oculari care l-au plasat pe Hauptmann la proprietatea Lindbergh aproape de momentul crimei nu erau demni de încredere și că nici Lindbergh, nici intermediarul care a livrat răscumpărarea nu l-au identificat inițial pe Hauptmann ca fiind destinatarul.
De fapt, Condon, după ce l-a văzut pe Hauptmann într-o aliniere la secția Greenwich Street Station a Departamentului de Poliție din New York, i-a spus agentului special Turrou de la FBI că Hauptmann nu era „John”, bărbatul căruia Condon susținea că i-a transmis banii de răscumpărare în cimitirul St. Raymond. El a mai declarat că Hauptmann arăta diferit (de exemplu, că avea ochi diferiți, era mai greu și avea părul diferit) și că „John” era de fapt mort pentru că fusese ucis de către confederații săi.
În timp ce aștepta într-o mașină din apropiere, Lindbergh a auzit vocea lui „John” chemându-l pe Condon în timpul predării răscumpărării, dar nu l-a văzut niciodată. Deși a declarat în fața marelui juriu din Bronx că a auzit doar cuvintele „hei, doctore” și că i-ar fi foarte greu să spună că ar putea recunoaște un om după voce, el l-a identificat pe Hauptmann ca având aceeași voce în timpul procesului său din Flemington. Poliția l-a bătut pe Hauptmann în timp ce se afla în custodie la Greenwich Street Station.
De asemenea, s-a afirmat că anumiți martori au fost intimidați, iar unii susțin că poliția a plantat sau falsificat probe, cum ar fi scara. Există, de asemenea, acuzații potrivit cărora poliția a falsificat fișele de pontaj ale lui Hauptmann și a ignorat colegii de muncă care au declarat că Hauptmann lucra în ziua răpirii. Aceste și alte constatări l-au determinat pe J. Edgar Hoover, primul director al FBI, să pună la îndoială modul în care s-au desfășurat ancheta și procesul. Văduva lui Hauptmann a militat până la sfârșitul vieții pentru a obține anularea condamnării soțului ei.
Erastus Mead Hudson a fost un expert în amprentele digitale care cunoștea procedeul rarisim de colectare a amprentelor de pe lemn și alte suprafețe pe care metoda anterioară cu pulbere nu ar fi funcționat, pe atunci, cu nitrat de argint. El a constatat că amprentele lui Hauptmann nu se aflau pe lemn, chiar și în locurile pe care omul care a făcut scara trebuie să le fi atins. După ce a raportat acest lucru unui ofițer de poliție și a declarat că trebuie să caute mai departe, ofițerul a spus: „Doamne, nu ne spuneți asta, domnule doctor!”. Scara a fost apoi spălată de toate amprentele digitale, iar colonelul Norman Schwarzkopf, Sr., superintendentul poliției de stat din New Jersey, a refuzat să dezvăluie publicului că amprentele lui Hauptmann nu se aflau pe scară.
S-au scris mai multe cărți care proclamă nevinovăția lui Hauptmann. Aceste cărți critică în diverse moduri poliția pentru că a permis contaminarea locurilor crimei, Lindbergh și asociații săi pentru că au interferat cu ancheta, avocații lui Hauptmann pentru că l-au reprezentat ineficient, precum și fiabilitatea martorilor și a probelor fizice prezentate la proces. Jurnalistul britanic Ludovic Kennedy, în special, a pus sub semnul întrebării multe dintre probe, cum ar fi originea scării și declarațiile multor martori.
În cartea sa despre un alt proces foarte mediatizat din anii 1930, cazul Winnie Ruth Judd, reporterul de investigații Jana Bommersbach a susținut că Hauptmann nu ar fi putut avea parte de un proces echitabil deoarece presa a creat o atmosferă de prejudecăți împotriva sa. Bommersbach a remarcat că, în acele vremuri, ziarele acționau atât ca „judecător, cât și ca juriu” și acopereau infracțiunile într-un mod care astăzi ar fi considerat senzaționalist.
Pe mai bine de 50 de ani, văduva lui Hauptmann s-a luptat fără succes cu instanțele din New Jersey pentru a obține redeschiderea cazului. În 1982, Anna Hauptmann, în vârstă de 82 de ani, a dat în judecată statul New Jersey, diverși foști ofițeri de poliție, ziarele Hearst care publicaseră articole premergătoare procesului în care se insista asupra vinovăției lui Hauptmann și fostul procuror David T. Wilentz (pe atunci în vârstă de 86 de ani) pentru daune de peste 100 de milioane de dolari pentru ucidere din culpă. Ea a susținut că documentele nou descoperite dovedesc comportamentul necorespunzător al acuzării și fabricarea de probe de către agenții guvernamentali, toți aceștia fiind părtinitori față de Hauptmann pentru că se întâmpla să fie de etnie germană. În 1983, Curtea Supremă a Statelor Unite a respins cererea ei ca judecătorul federal care examina cazul să fie descalificat din cauza prejudecăților judiciare, iar în 1984 judecătorul i-a respins pretențiile.
În 1985, peste 23.000 de pagini de documente ale poliției din cazul Hauptmann au fost găsite în garajul răposatului guvernator Hoffman. Aceste documente, împreună cu 34.000 de pagini de dosare FBI, care, deși descoperite în 1981, nu fuseseră făcute publice, au reprezentat o adevărată mană cerească de informații nedivulgate anterior. Ca urmare directă a acestor noi dovezi, Anna Hauptmann și-a modificat din nou plângerea civilă la 14 iulie 1986, pentru a reabilita numele răposatului ei soț, continuând să afirme că acesta a fost „înscenat de la început până la sfârșit” de către poliția care căuta un suspect. Printre acuzațiile ei se numărau sugestii potrivit cărora șina scării luată din pod, unde locuiau în 1935, a fost plantată de poliție și că banii de răscumpărare au fost lăsați în urmă de Isidor Fisch, care era posibil să fi fost adevăratul răpitor. În 1990, guvernatorul statului New Jersey, James Florio, a refuzat apelul ei pentru o întâlnire în vederea reabilitării numelui lui Bruno Hauptmann. Anna Hauptmann a murit la 10 octombrie 1994.
În 1974, Anthony Scaduto a scris „Scapegoat”, care a adoptat poziția că Hauptmann a fost înscenat și că poliția a ascuns și fabricat probe. Acest lucru a dus la continuarea investigațiilor, iar în 1985, Ludovic Kennedy a publicat The Airman and the Carpenter (Aviatorul și tâmplarul), în care susținea că Hauptmann nu l-a răpit și nu l-a ucis pe Charles Augustus Lindbergh Jr. Cartea a fost transformată în 1996 în filmul de televiziune Crime of the Century, cu Stephen Rea și Isabella Rossellini.
Nu toți autorii moderni sunt de acord cu aceste teorii. Jim Fisher, fost agent FBI și profesor la Universitatea Edinboro din Pennsylvania, a scris două cărți pe această temă, The Lindbergh Case (1987) și The Ghosts of Hopewell (1999), pentru a aborda, cel puțin parțial, ceea ce el numește o „mișcare de revizuire”. În aceste texte, el explică în detaliu dovezile împotriva lui Hauptmann. El oferă o interpretare în care discută atât pro și contra acestor dovezi. El a concluzionat: „Astăzi, fenomenul Lindbergh este o farsă uriașă comisă de oameni care profită de un public neinformat și cinic. În ciuda tuturor cărților, programelor de televiziune și a proceselor legale, Hauptmann este la fel de vinovat astăzi ca și în 1932, când l-a răpit și ucis pe fiul domnului și doamnei Charles Lindbergh.”
Lindbergh credea că Hauptmann trebuie să fi fost implicat în răpirea și uciderea fiului său. El a remarcat că Hauptmann avea o constituție magnifică, dar avea ochii ca ai unui mistreț.
.