Zona în care se află rezervorul a făcut parte din Rancho Janal, și a fost cumpărată de E. S. Babcock. Rezervația Lower Otay Reservoir a fost creată inițial în 1897, după construirea barajului Lower Otay Dam de către Southern California Mountain Water Company. Barajul original era de tip umplutură de rocă cu o înălțime de 125 de picioare (38 m). În 1900, John D. Spreckels a cumpărat terenul din jurul rezervorului, iar rezervorul a fost ulterior achiziționat de o companie deținută de Spreckles. La lac se afla o cabană de vânătoare care era utilizată de oaspeții Hotelului del Coronado.
Barajul original a cedat în ianuarie 1916 în urma unor ploi abundente care au afectat cea mai mare parte a Californiei de Sud, inundând Valea Otay cu un zid de apă cu o înălțime cuprinsă între 6,1 și 30,5 m (20 și 100 de picioare) în timpul evenimentului, ucigând peste 14 persoane. Inundația a măturat ferme și clădiri întregi, inclusiv reședința Montgomery de la Fruitland, în apropiere de gura de vărsare a râului, unde John J. Montgomery își construise seria inițială de proiecte de planoare cu pilot. Ploile au fost, aparent, opera „făcătorului de ploi” Charles Hatfield, care fusese angajat de orașul San Diego pentru a ajuta la creșterea precipitațiilor pentru a umple rezervorul Morena din apropiere. El nu a fost niciodată acuzat de vreo infracțiune. În urma acestui fapt a fost construit actualul baraj Arch-gravitațional. În 1934, a fost numit în onoarea lui Hiram Newton Savage, inginerul orașului care a supravegheat construcția sa.
În 1936, Stephen Birch a cumpărat terenul din jurul rezervorului, care fusese Rancho Otay. Fiica sa Mary a moștenit terenul și, căsătorindu-se cu un fost comandant al Forțelor Aeriene Regale, s-a mutat în fosta cabană de vânătoare de pe Lacul Otay Superior, Rancho del Otay.
Un avion Curtiss SB2C Helldiver a fost observat în lac în februarie 2009 de către un pescar de biban. La 28 mai 1945, acesta se afla într-un exercițiu de bombardament de pe un portavion din apropiere, când un motor înțepenit a forțat o aterizare de urgență în rezervor. Scafandrii au examinat avionul la 23 iulie 2009, pentru a vedea dacă poate fi salvat pentru a fi expus la muzeu, iar acesta a fost ridicat la 20 august 2010.
.