Microflora comensală (microflora normală, microbiota indigenă) este formată din acele microorganisme care sunt prezente pe suprafețele corpului acoperite de celule epiteliale și care sunt expuse la mediul extern (tractul gastrointestinal și respirator, vaginul, pielea etc.).). Numărul de bacterii care colonizează suprafețele mucoaselor și ale pielii depășește numărul de celule care formează corpul uman. Bacteriile comensale au co-evoluat cu gazdele lor, însă, în condiții specifice, acestea sunt capabile să depășească răspunsurile protectoare ale gazdei și să exercite efecte patologice. Bacteriile rezidente formează ecosisteme complexe, a căror diversitate este enormă. Cea mai abundentă microflora este prezentă în părțile distale ale intestinului; majoritatea bacteriilor intestinale sunt anaerobe Gram-negative. Mai mult de 50% dintre bacteriile intestinale nu pot fi cultivate prin tehnici microbiologice convenționale. Metodele de biologie moleculară ajută la analiza complexității structurale și funcționale a microflorei și la identificarea componentelor acesteia. Microflora rezidentă conține o serie de componente capabile să activeze imunitatea înnăscută și adaptivă. Activarea imunitară nelimitată ca răspuns la semnalele provenite de la bacteriile comensale ar putea prezenta riscul de inflamație; răspunsurile imunitare la microbiota mucoaselor necesită, prin urmare, un control de reglementare precis. Sistemul imunitar al mucoaselor a dezvoltat mecanisme de reglementare specializate, antiinflamatorii, pentru a elimina sau tolera antigene alimentare și aeriene nepericuloase și microorganisme comensale (toleranță orală, mucoasă). Cu toate acestea, în același timp, sistemul imunitar al mucoaselor trebuie să asigure mecanisme de apărare locală împotriva amenințărilor din mediul înconjurător (de exemplu, agenți patogeni invadatori). Această cerință importantă este îndeplinită de mai multe mecanisme ale imunității mucoaselor: mecanisme de apărare înnăscută puternic dezvoltate care asigură funcționarea adecvată a barierei mucoaselor, existența unor tipuri unice de limfocite și a produselor acestora, transportul imunoglobulinelor polimerice prin celulele epiteliale în secreții (sIgA) și migrarea și deplasarea celulelor provenite din țesuturile organizate la nivelul mucoaselor și al glandelor exocrine.
Rolul important al bacteriilor comensale în dezvoltarea unui sistem imunitar al mucoaselor cu funcționare optimă a fost demonstrat la animale fără germeni (folosind tehnici gnotobiologice). S-a sugerat recent implicarea microflorei comensale și a componentelor sale cu puternice proprietăți imunoactivante (de exemplu, LPS, peptidoglicani, superantigeni, ADN bacterian, Hsp) în mecanismul etiopatogenetic al diferitelor boli complexe, multifactoriale și multigenice, inclusiv boli inflamatorii intestinale, boli parodontale, artrită reumatoidă, ateroscleroză, alergie, insuficiență multiorganică, cancer de colon. Modelele animale ale bolilor umane crescute în condiții gnotobiotice definite contribuie la elucidarea etiologiei acestor afecțiuni frecvente. O mai bună înțelegere a interacțiunilor dintre bacteriile comensale și gazde, utilizând modele animale fără germeni cu strategii de colonizare selectivă, combinate cu tehnici moleculare moderne, ar putea aduce noi informații despre mecanismele imunității mucoaselor și, de asemenea, despre mecanismele patogenetice ale mai multor boli infecțioase, inflamatorii, autoimune și neoplazice. Reglarea compoziției microflorei (de exemplu, prin probiotice și prebiotice) oferă posibilitatea de a influența dezvoltarea imunității mucoaselor și a imunității sistemice, dar poate juca un rol și în prevenirea și tratamentul unor boli.
.