1796-1802Edit
Războiul a fost dăunător pentru Spania și pentru veniturile Coroanei spaniole, blocada britanică reducând foarte mult cantitatea de bogăție sosită din colonii. Cu toate acestea, o flotă spaniolă principală, sub comanda lui Jose de Cordoba y Ramos, avea 27 de nave de linie și plănuia să facă legătura cu francezii și să protejeze coliviile de bunuri valoroase. Flota britanică din Marea Mediterană avea 15 nave de linie – puternic depășită numeric de amenințările franco-spaniole, ceea ce a forțat o retragere din Corsica și Elba până în 1797. Cu toate acestea, marina spaniolă s-a dovedit incapabilă să se coordoneze cu aliații săi republicani francezi și a fost puternic învinsă în Bătălia de la Capul Saint Vincent. Acest lucru a lăsat Spania într-o poziție dezavantajată pe mare pentru restul războiului, chiar dacă a respins două asalturi britanice la Cadiz și Tenerife și o expediție britanică ulterioară la Ferrol.
1804-1808Edit
Tratatul de la Amiens din 1802 prevedea un armistițiu temporar al ostilităților, care a fost încălcat în 1804 când, prin surprindere și fără declarație de război, navele britanice au atacat o escadrilă spaniolă de fregate care transporta lingouri de aur și argint la Cadiz. Fregata spaniolă Nuestra Señora de las Mercedes a sărit în aer, iar celelalte au fost capturate de britanici.
Francezii au planificat o invazie a Marii Britanii în anul următor; flota spaniolă urma să fie parte integrantă în asistarea acestei invazii. În Bătălia de la Trafalgar, în 1805, o flotă combinată franco-spaniolă, care a încercat să își unească forțele cu flotele franceze din nord pentru invazie, a fost atacată de o flotă britanică și a pierdut într-o luptă decisivă. Victoria britanică a pus capăt amenințării imediate a unei invazii a Marii Britanii de către Napoleon. De asemenea, a zdruncinat serios hotărârea nepopularului guvern spaniol condus de Godoy, care a început să se îndoiască de utilitatea alianței sale incerte cu Napoleon. Între timp, o campanie britanică (1806-1807) de cucerire a regiunii Rio de la Plata din America de Sud spaniolă, importantă din punct de vedere strategic, s-a soldat cu un eșec.
Godoy s-a retras din Sistemul Continental pe care Napoleon îl concepuse pentru a lupta împotriva Marii Britanii, pentru a i se alătura din nou în 1807, după ce Napoleon i-a învins pe prusaci. Cu toate acestea, Napoleon își pierduse încrederea în Godoy și în regele spaniol Carol al IV-lea. De asemenea, în Spania exista un sprijin din ce în ce mai mare pentru fiul regelui, Ferdinand, care se opunea disprețuitului Godoy. Cu toate acestea, Ferdinand favoriza o alianță cu Marea Britanie, iar Napoleon s-a îndoit întotdeauna de încrederea oricărei regalități Bourbon.
.