Faceți clic pe pictogramele de mai sus pentru a descărca cel mai recent ApE (v2.0.61, Februrary 5, 2020)
Consultați instrucțiunile de mai jos pentru instalarea programelor open source pe un Mac. Dacă instalați pe OSX El Capitain (OSX 10.11) sau pe sisteme mai vechi. Trimiteți-mi un e-mail pentru instrucțiuni (Vă rugăm să specificați versiunea sistemului de operare – voi ignora e-mailurile fără această informație.)
Click aici pentru a face o donație voluntară în sprijinul ApE.
Follow @ApEplasmid
Un scurt video de instalare a ApE pe un Mac:
Your browser does not support the <video> tag.
Funcționează în Windows (XP, Vista, 7, 8 și 10) și Mac (OS X v10.5 și mai sus) Evidențiază situsurile de restricție în fereastra de editare Reflectă cu exactitate blocarea Dam/Dcm a situsurilor enzimatice Evidențiază textul folosind biblioteci de caracteristici predefinite și personalizate Afișează traducerea, Tm, %GC, ORF a ADN-ului selectat în timp real Citește DNA Strider, Fasta, Fișiere Genbank și EMBL Salvează fișierele în format compatibil cu DNA Strider sau în format de fișier Genbank Evidențiază și desenează hărți grafice folosind adnotări de caracteristici din fișierele Genbank și embl Direct BLASTs secvența selectată la NCBI sau wormbase
Harta textului arată secvența ADN, traducerea, și caracteristicile sub formă de grafică bazată pe text
Creează hărți grafice de restricție- liniare sau circulare cu caracteristici indicate Conectează caracteristici grafice și de text cu dublu clic pe hyperlink Salvează grafica sub formă de postscript încapsulat sau grafică vectorială scalabilă Copiază și salvează grafica sub formă de metafile Windows (numai MS Windows)
Digest de restricție virtuală Desenează pre-defined and user-defined DNA ladders Conectează benzile la text prin dublu clic
Citește fișiere de urme de secvențiere ABI Secvențele din urmele ABI pot fi aliniate direct la o secvență de referință, iar alinierea este legată printr-un hyperlink la traseu.
Selectează situsurile care corespund mai multor criterii (uniune/intersecție- frecvența de tăiere, tipul de situs) în toate ferestrele deschise Selectează situsurile care se taie mai des într-o secvență decât în alta (pentru detectarea snip-SNP sau digestări de diagnosticare) Dispune de o grupare de enzime definită de utilizator pentru a distiga, de exemplu, enzimele aflate în prezent în stoc. Permite utilizatorilor să definească noi enzime după nume și situs de recunoaștere Importă fișiere în format DNA Strider (enzime simple, liste de situsuri) disponibile de la REBASE
Alte caracteristici:
Majoritatea ferestrelor de analiză sunt conectate prin hyperlink la secvențele lor corespunzătoare, inclusiv: Hărți grafice Hărți de text Digestări virtuale Alinieri (inclusiv secvențe ABI) Situri silențioase Găsirea imprimatelor de traducere Folosește biblioteci personalizate de definiții ale caracteristicilor, care permit: Adnotarea rapidă a secvenței Căutarea rapidă și evidențierea tuturor amorselor disponibile pe care le aveți (sau pe care le au alții) și care se hibridizează cu o secvență Secvența poate fi adnotată și vizualizată în mai multe moduri, rapid și eficient Hărți grafice care arată site-urile de legare a amorselor și toate caracteristicile interesante ale secvenței Traduce secvențe cu aliniere opțională a ADN-ului Găsește potențiali amorsatori care corespund criteriilor utilizatorului (lungime, Tm, %GC, complementaritate auto/alte complementarități) Aliniază două secvențe de ADN (sau orice combinație de secvență și urme ABI), cu alinierea hiperlinkată la secvența originală Găsește situsuri de restricție silențioase din punct de vedere al traducerii Desenează hărți grafice ORF
Click aici pentru a face o donație voluntară în sprijinul ApE.
Obțineți versiuni mai vechi
Acum puteți exporta direct regiuni genomice din Wormbase: În butonul de meniu derulant din dreapta sus, selectați „Download Track Data”. Faceți clic pe butonul „Configure…”. Aruncați caracteristicile selectate utilizând versiunea 3 Peste regiunea vizibilă în prezent. Bifați „Save to File” (Salvați în fișier). Bifați „Embed DNA sequence”. Debifați „Include track configuration data”. Faceți clic pe „Go”. Deschideți fișierul .gff rezultat în cea mai recentă versiune ApE.
Alternativ, puteți exporta o regiune genomică (din vizualizatorul de genom) ca fișier în format FASTA (utilizând meniul din stânga sus). Puteți adăuga urme de caracteristici prin descărcarea fișierelor de urme de caracteristici GFF3 utilizând același meniu. În ApE, deschideți fișierul FASTA, apoi folosiți meniul Features pentru a deschide informațiile privind pistele GFF3.
O altă modalitate este de a lua modelul genei (de pe o pagină de gene), de a-l lipi într-o fereastră ApE și apoi de a selecta totul, de a face o nouă caracteristică (meniul Feature), iar în fereastra de editare a caracteristicii care apare apăsați butonul „upper case only”. Dacă credeți că ApE nu găsește toate situsurile ClaI (sau XbaI sau BclI) pe care ȘTIȚI că sunt prezente în secvența dumneavoastră, dezactivați metilarea Dam/Dcm pe secvența dumneavoastră și încercați din nou. Vezi aici pentru mai multe informații. Click aici pentru a face o donație voluntară în sprijinul ApE.
pentru a face o donație voluntară în sprijinul ApE.
