În istoria ligii minore de baseball au existat mai multe ligi ale Atlanticului de Sud, din 1904 până în prezent, cu câteva pauze. Liga a funcționat din 1904 până în 1917 ca o ligă de clasa C, apoi a început din nou în 1919, tot de clasa C. De data aceasta a funcționat din 1919 până în 1930, trecând la clasa B începând din 1921. William G. Bramham a devenit președintele ligii la mijlocul anului 1924 și a servit până în 1930. Liga a fost repornită din nou ca clasă B din 1936 până în 1942, a fost închisă ca urmare a celui de-al Doilea Război Mondial și a revenit în 1946 ca o ligă de clasă A. AA Southern Association (care nu s-a integrat niciodată) a murit după sezonul 1961, astfel că SAL a fost promovată în AA în 1963 pentru a-i lua locul; un an mai târziu, numele a fost schimbat în Southern League. Din cele 51 de sezoane de funcționare, Augusta, Georgia a concurat în 46, Macon, Georgia a fost prezentă în 46, iar Columbia, Carolina de Sud a fost prezentă în 45. Charleston, Carolina de Sud; Jacksonville, Florida; Savannah, Georgia; și Columbus, Georgia; fiecare a concurat, de asemenea, timp de cel puțin 29 de ani, formând o linie relativ stabilă.
Numele South Atlantic League a rămas nefolosit timp de 16 ani, dar în 1980 Western Carolinas League a readus numele atunci când a încercat să își schimbe identitatea. Timp de aproape 60 de ani, din 1948 până în 2007, figura dominantă în WCL/SAL a fost fondatorul și președintele ligii, John Henry Moss, care a înființat WCL ca tânăr în 1948, a refondat-o în 1960 și apoi a condus-o în noul secol. Moss s-a retras la finalul sezonului 2007 al Ligii Atlanticului de Sud. El a murit la vârsta de 90 de ani, la 1 iulie 2009, la Kings Mountain, Carolina de Nord – un oraș în care a fost și primar timp de 23 de ani.
În 2005, SAL a avut cea mai mare prezență din ultimii 101 ani, cu peste 3.541.992 de fani (în timp ce liga minoră de baseball a stabilit al doilea record consecutiv, cu 41.333.279 de participanți). În prezent, liga are 14 echipe, împărțite în două divizii de câte șapte cluburi.
Începutul sezonului 2020 a fost amânat din cauza pandemiei COVID-19, înainte de a fi în cele din urmă anulat pe 30 iunie. La sfârșitul anului 2020, restructurarea de către Major League Baseball a sistemului ligilor minore a forțat o bulversare masivă la nivelul claselor A și High-A. Din cele paisprezece echipe care ar fi trebuit să joace în sezonul SAL 2020, șase au fost promovate la High-A și urmau să participe la noul High-A East, cinci au rămas la Low-A, dar s-au alăturat noului Low-A East, iar trei au fost forțate să părăsească complet baseballul afiliat. Se pare că Hagerstown Suns s-a desființat, iar West Virginia Power și Lexington Legends s-au alăturat amândouă Atlantic League of Professional Baseball, o ligă în parteneriat cu Major League Baseball.
.