Tipurile de patogeneză includ infecția microbiană, inflamația, malignitatea și deteriorarea țesuturilor. De exemplu, patogeneza bacteriană este mecanismul prin care bacteriile provoacă boli infecțioase.
Majoritatea bolilor sunt cauzate de procese multiple. De exemplu, anumite tipuri de cancer apar în urma unei disfuncții a sistemului imunitar (tumori cutanate și limfom după un transplant renal, care necesită imunosupresie).
Mecanismele patogene ale unei boli (sau afecțiuni) sunt puse în mișcare de cauze etiologice subiacente, care, dacă ar fi controlate, ar permite prevenirea bolii. Adesea, o etiologie potențială este identificată prin observații epidemiologice înainte de a se putea stabili o legătură patologică între cauză și boală. Perspectiva patologică poate fi integrată direct într-o abordare epidemiologică în domeniul interdisciplinar al epidemiologiei patologice moleculare (MPE). MPE poate ajuta la evaluarea patogenezei și a cauzalității prin stabilirea unei legături între un potențial factor etiologic și semnăturile patologice moleculare ale unei boli.