Descoperirea în 1898 a autorității spaniole de către Statele Unite i-a făcut pe filipinezi să creadă că independența țării lor, proclamată la 12 iunie 1898, era garantată. A fost adoptat un drapel național destul de diferit de steagurile revoluționare folosite cu câțiva ani înainte. La catarg era arborat un triunghi alb, simbol al libertății și derivat probabil din simbolistica masonică. Acesta purta un soare auriu și trei stele aurii, reprezentând cele trei zone principale din Filipine – grupul de insule Luzon din nord, grupul Visayan din sud și principala insulă sudică Mindanao. Cele opt raze de soare reprezentau provinciile în care a izbucnit revolta antispaniolă inițială. Restul steagului era format din dungi orizontale albastre (pentru dorința de a se sacrifica pentru libertate) peste roșu (pentru curaj).
Prima republică a fost în cele din urmă suprimată de Statele Unite, iar steagul său a fost scos în afara legii între 1907 și 1920. În 1936, noul Commonwealth al Filipinelor a adoptat acest steag în anticiparea unei eventuale independențe. Sub ocupația japoneză, steagul filipinez a fost mai întâi interzis și apoi recunoscut oficial la 14 octombrie 1943, când a fost proclamată cea de-a doua republică controlată de japonezi. Filipinezii care se opuneau dominației japoneze au arborat steagul cu dunga albastră în jos și cu dunga roșie în sus (adică au arborat steagul cu susul în jos). În cele din urmă, Statele Unite au acordat independența Filipinelor la 4 iulie 1946, sub steagul din 1898. În 1985, președintele Ferdinand Marcos a modificat nuanța de albastru din albastru închis în albastru deschis, în ideea că primele steaguri ale republicii aveau albastru deschis. Succesoarea sa, Corazon Aquino, a inversat schimbarea, dar la 16 septembrie 1997, în anticiparea centenarului steagului filipinez original, dunga de sus a fost din nou schimbată, de la albastru marin închis la un albastru regal mai deschis.
.