Selectat în runda a treia, cu a 64-a alegere generală din NFL Draft 1973, Fouts a ajutat echipa Chargers să ajungă în playoff din 1979 până în 1982 și de două ori la meciul pentru titlul AFC (1980 și 1981). În această perioadă, San Diego a terminat în top 4 în NFL la numărul de puncte marcate în fiecare sezon, conducând de două ori liga. Fouts a condus liga de patru ori în ceea ce privește numărul de yarzi de pase; și-a încheiat cariera cu peste 40.000, fiind al treilea jucător care a depășit această bornă. El a fost ales în Pro Football Hall of Fame în 1993.
Fouts a fost selecționat de șase ori în Pro Bowl (1979, 1980, 1981, 1982, 1983, 1985) și a compilat ratinguri de pasere de peste 90,0 pentru o perioadă de 3 ani (1981-83). A fost primul jucător din NFL care a depășit 4.000 de yarzi de pase în trei sezoane consecutive (1979-1981), a condus NFL la numărul de yarzi de pase în patru sezoane consecutive (1979-1982) și a depășit de șase ori pragul de 20 de eseuri, cu un record al carierei de 33 în 1981. Recordul carierei sale de 4.802 yarzi de pase în timpul sezonului 1981 a fost un record NFL la acea vreme.
Fouts a stabilit recorduri de yarzi de pase în NFL în trei sezoane consecutive, din 1979 până în 1981, cu un total de 4.082, 4.715 și 4.802 yarzi. El a doborât recordul profesionist al lui Joe Namath de 4.007 stabilit în Liga Americană de Fotbal în 1967, iar Dan Marino a doborât recordul lui Fouts în 1984 cu 5.084 de yarzi. Chargers în 1979 a fost prima campioană a Diviziei de Vest a AFC care a executat mai multe pase (541) decât alergări (481). Fouts s-a clasat pe locul al doilea, după Earl Campbell, în cadrul votului Associated Press (AP) pentru premiile NFL Most Valuable Player (MVP) și Offensive Player of the Year. În sezonul următor, Fouts a stabilit un record NFL cu opt meciuri de 300 de yarzi sau mai mult la pase și a devenit primul fundaș care a reușit 30 de eseuri într-un sezon de la Daryle Lamonica în 1969. În 1982, un sezon scurtat la 9 meciuri din cauza unei greve, Fouts a avut o medie de 320 de metri de pase pe meci, un record NFL care a rămas valabil până când Drew Brees a avut o medie de 342,25 în 2011. Punctele de atracție din acel sezon au inclus victorii consecutive împotriva echipelor de la Super Bowl din 1981, San Francisco (41-37) și Cincinnati (50-34), în care Fouts a aruncat pentru peste 400 de yarzi în fiecare meci, conducându-i pe Chargers la victorii categorice. În acel sezon, a fost numit MVP al NFL de către Pro Football Writers Association și Newspaper Enterprise Association. A terminat pe locul al doilea în sondajul AP, după Mark Moseley, singurul kicker care a câștigat vreodată acest premiu. Cu toate acestea, AP l-a votat cel mai bun jucător ofensiv al ligii, la fel ca și Pro Football Weekly.
Fouts a obținut selecții All-Pro atât în 1979, cât și în 1982, fiind, de asemenea, numit în a doua echipă All-Pro în 1980 și 1985. În plus, Fouts a fost numit și 2nd Team All-AFC în 1981 și 1983. Cu toate acestea, Fouts și Chargers au pierdut ambele meciuri de campionat AFC în care au jucat.
Primii câțiva ani ai lui Fouts în ligă au fost nefavorabili, dar odată cu sosirea antrenorului principal Don Coryell în 1978, soarta lui Chargers s-a schimbat. Cu toate acestea, cu doi ani mai devreme, odată cu sosirea lui Bill Walsh ca coordonator ofensiv al lui Chargers, au fost plantate semințele succesului. Sub conducerea lui Coryell, Chargers au fost cunoscuți sub numele de Air Coryell pentru jocul de pase în adâncime și pentru implicarea extremei strânse ca receptor cheie. Acest lucru a necesitat un fundaș dur, inteligent și cu un braț puternic. Fouts se potrivea perfect.
Fouts nu era un fundaș mobil, iar jocul de pase în adâncime a dus la multe lovituri. Antrenorul Hall of Fame Bill Walsh, un antrenor asistent al lui Chargers în 1976, a spus: „Dan Fouts avea un nerv rece, ca de oțel și curaj …. A încasat multe bătăi, multe lovituri, dar a continuat să joace, rănit sau nu. A jucat un fotbal mai fizic decât oricine din echipa sa, inclusiv linebackerii”. Utilizând rareori pușca, Fouts se retrăgea de la centru și căuta unul dintre cei mai buni receptori. Receptorul de bandă Charlie Joiner și extrema strânsă Kellen Winslow au fost cei mai cunoscuți, ambii fiind acum în Hall of Fame, dar John Jefferson și Wes Chandler, printre alții, au fost, de asemenea, esențiali. Pasele lui Fouts i-au permis lui Winslow să conducă NFL la recepții de două ori (1980,1981), în timp ce Winslow (1982) și Lionel James (1985) au condus AFC la recepții în alte 2 ocazii combinate. James a stabilit recordul NFL (doborât între timp) în 1985 pentru numărul de yarzi recepționați de un running back, cu 1.027. Jefferson a devenit primul receptor care a avut 1.000 de yarzi primiți în fiecare din primele trei sezoane în NFL. Atât Jefferson (1980), cât și Chandler (1982) au fost lideri în NFL la numărul de metri primiți. Media de 129 de yarzi la recepție pe meci a lui Chandler în 1982 este încă un record al ligii. Atât Jefferson (1978, 1980), cât și Chandler (1982) au fost lideri în NFL la TD-uri primite. În 1980, Winslow, Jefferson și Joiner au devenit primul trio din aceeași echipă care a avut 1.000 de yarzi la recepție într-un sezon. Când s-a retras după 1986, Joiner era liderul all-time al NFL la recepții cu 750.
Protecția la pase a fost, de asemenea, critică pentru o astfel de ofensivă. Chargers a avut o linie ofensivă excelentă care l-a protejat bine pe Fouts și i-a inclus pe Ed White, de patru ori Pro Bowler, Russ Washington, de cinci ori Pro Bowler, Doug Wilkerson, de trei ori Pro Bowler, Billy Shields și Don Macek. Chargers a condus liga în ceea ce privește numărul de pase, un record NFL, 6 ani consecutivi din 1978 până în 1983 și din nou în 1985, sub conducerea lui Fouts. De asemenea, au condus liga în ceea ce privește numărul total de yarzi în ofensivă în 1980-1983 și 1985.
În ciuda faptului că au mers în playoff din 1979 până în 1982 și au jucat în două meciuri de campionat AFC, Chargers nu a mers niciodată la Super Bowl sub conducerea lui Fouts (deși au mers 7 ani după retragerea sa). De obicei, acest lucru este atribuit apărării slabe și refuzului lor de a alerga mingea. În perioada de glorie a lui Fouts, apărarea nu era la fel de stelară, dar jocul de alergare a devenit mult mai bun odată cu adăugarea lui Chuck Muncie, tranzacționat de la New Orleans în 1980, și cu recrutarea lui James Brooks de la Auburn în 1981. Cu toate acestea, apărarea a suferit o pierdere atunci când Fred Dean, un specialist al sacului All-Pro, a fost transferat la San Francisco 49ers în 1981 într-o dispută contractuală, iar Dean avea să câștige UPI NFC Defensive Player of the Year (în timp ce a jucat în doar 11 meciuri) în acel an, în drum spre o victorie la Super Bowl și să-i ajute pe cei de la 49ers la un alt titlu de Super Bowl trei ani mai târziu. Dean va fi introdus mai târziu în Hall of Fame.
„Nu pot spune cât de mult ne-a afectat, pentru că am ajuns până la meciul de campionat AFC”, a declarat jucătorul de linie defensivă All-Pro al lui Chargers, Gary „Big Hands” Johnson, despre pierderea lui Dean. „Dar aș putea spune că dacă am fi avut mai multe pase de la colț, ar fi fost diferit.” U-T San Diego în 2013 a numit tranzacția „probabil cea mai mare gafă din istoria francizei”. Fouts însuși ar fi fost aproape de a fi tranzacționat în 1983 la Baltimore Colts în schimbul drepturilor lui John Elway din cauza unei dispute contractuale, dar ar fi ajuns la un acord asupra unei prelungiri, iar Elway ar fi fost în schimb tranzacționat în mod infam la rivalul Denver Broncos.
În total, Chargers a obținut trei victorii împotriva a patru înfrângeri în playoff sub conducerea lui Fouts, care a aruncat pentru peste 300 de yarzi în toate meciurile, cu excepția a două dintre ele. Una dintre cele mai notabile victorii ale lor a fost meciul din playoff-ul din 1982, cunoscut sub numele de The Epic din Miami, unde Fouts și-a condus echipa la o victorie cu 41-38, completând 33 din 53 de pase pentru un record al francizei de 433 de metri și 3 eseuri în acea zi fierbinte și umedă. Numărul de reușite, de încercări și de yarzi pe care le-a avut în acest meci au fost toate recorduri NFL în postsezon la acea vreme. Săptămâna următoare, în meciul de campionat AFC de la Cincinnati, a avut loc o scădere a temperaturii de 92 °F în comparație cu săptămâna precedentă la Miami, iar Chargers a pierdut cu 27-7 în ceea ce este cunoscut sub numele de Freezer Bowl.
În sezonul următor, a aruncat pentru 333 de yarzi și 3 eseuri într-o victorie cu 31-28 în fața celor de la Pittsburgh Steelers în runda AFC Wild Card. Cariera lui Fouts în playoff s-a încheiat în meciul din AFC Divisional Playoff împotriva lui Miami, unde a aruncat 5 intercepții și doar o pasă de eseu. Fouts a continuat să joace încă patru sezoane la Chargers, retrăgându-se în 1987, după 15 ani petrecuți alături de ei. Și-a încheiat cariera ca liderul din toate timpurile al Chargers la numărul de yarzi de pase și eseuri, cu 43.040 și respectiv 254.
.