Specificitatea este o proprietate a enzimei și descrie cât de restrictivă este enzima în alegerea substratului; o enzimă complet specifică ar avea un singur substrat.
Specificitatea serin-proteazelor nu este, de obicei, foarte mare, deoarece acestea au situsuri active similare și acționează prin același mecanism proteolitic.
În consecință, o singură serin-protează poate acționa asupra mai multor substraturi, deși la viteze diferite. Modul în care substratul se potrivește cu situsul activ al enzimei este de o importanță crucială pentru rezultatul reacției enzimă-substrat. Legătura care urmează să fie scindată trebuie să aibă o orientare specifică în raport cu lanțurile laterale de aminoacizi din triada catalitică. Cel mai important factor care guvernează potrivirea unui substrat pentru o enzimă este secvența de aminoacizi din jurul legăturii care urmează să fie scindată.
Trippsina scindează amidele și esterii aminoacizilor bazici arginină și lizină. Trombina are o preferință similară, dar este mai specifică pentru arginină decât pentru lizină.
Selectivitatea este o proprietate a substratului și indică gradul în care substratul este legat și scindat de diferite enzime. Cea mai bună măsură pentru selectivitate este dată de raportul kcat/Km. Substraturile sintetice sunt considerabil mai mici decât substraturile naturale și, de obicei, pot fi scindate de mai mult de o enzimă, adică substraturile sintetice nu sunt complet selective. Explicația acestui fapt este că substraturile mari, cum ar fi fibrinogenul, interacționează nu numai cu situsul activ, ci și cu domeniile exterioare ale enzimei. Astfel de interacțiuni permit substraturilor să discrimineze între diferite serin-proteaze, iar fibrinogenul devine astfel foarte selectiv pentru trombină.
Tabele de selectivitate
Datele de selectivitate din tabel au fost compilate pentru a permite investigatorului să înțeleagă modul în care o enzimă contaminantă ar influența reacția enzimă-substrat studiată. Un alt mod de a exprima acest lucru este de a spune că tabelul arată reactivitățile relative a două sau mai multe enzime pe un anumit substrat. Tabelul trebuie citit pe orizontală. Fiecare rând reprezintă reactivitatea unui substrat desemnat pentru a fi utilizat cu o anumită enzimă, indicată în stânga, în raport cu alte enzime relevante.
Exemplu: Setul de date din rândul de sus arată reactivitatea relativă a substratului de trombină S-2238™ cu diverse enzime. Toate experimentele au fost efectuate folosind același tampon, adică cel mai adecvat pentru reacția dintre trombină și substratul cromogenic S-2238™. În plus, concentrația de substrat a fost întotdeauna aceeași, respectiv 2 x Km pentru reacția substratului cromogenic S-2238™ cu trombina. Concentrațiile diferitelor enzime sunt prezentate în tabelul 2 și sunt legate de concentrația plasmatică a zimogenului corespunzător. Reactivitatea substratului cromogenic S-2238™ cu trombina, măsurată ca creștere a absorbanței în funcție de timp (ΔA/min), primește valoarea de 100 % (valoarea reală a ΔA/min este indicată între paranteze). Reactivitățile substratului cromogenic S-2238™ cu enzimele FXa, FXIa, APC, plasmină, t-PA cu lanț unic, calicreină plasmatică și C1s au fost apoi raportate la reactivitatea substratului cromogenic S-2238™ cu trombina și s-au dovedit a fi de 5, 5, 5, 40, 5, 5, 5, 60 și, respectiv, 2%.
.