1796-1802Edit
Wojna była szkodliwa dla Hiszpanii i dochodów Korony hiszpańskiej, blokada brytyjska znacznie zmniejszyła ilość bogactw napływających z kolonii. Główna flota hiszpańska, pod dowództwem Jose de Cordoby y Ramosa, miała jednak 27 okrętów liniowych i planowała połączyć się z Francuzami i chronić zatoczki z cennymi towarami. Brytyjska flota śródziemnomorska posiadała 15 okrętów liniowych – mocno przetrzebionych przez zagrożenie francusko-hiszpańskie, co zmusiło ją do odwrotu z Korsyki i Elby do roku 1797. Hiszpańska marynarka wojenna okazała się jednak niezdolna do koordynacji działań ze swoimi republikańskimi sojusznikami i została ciężko pokonana w bitwie pod Przylądkiem St Vincent. Pozostawiło to Hiszpanię w niekorzystnej sytuacji na morzu przez resztę wojny, nawet jeśli odparła dwa brytyjskie ataki na Kadyks i Teneryfę oraz późniejszą brytyjską ekspedycję do Ferrol.
1804-1808Edit
Traktat z Amiens z 1802 r. przewidywał tymczasowy rozejm w działaniach wojennych, który został złamany w 1804 r., kiedy to z zaskoczenia i bez wypowiedzenia wojny brytyjskie okręty zaatakowały hiszpańską eskadrę fregat, która przewoziła złoto i srebro do Kadyksu. Hiszpańska fregata Nuestra Señora de las Mercedes wysadziła się w powietrze, a pozostałe zostały zdobyte przez Brytyjczyków.
Francuzi planowali inwazję na Wielką Brytanię w nadchodzącym roku; hiszpańska flota miała być integralną częścią wspomagającą tę inwazję. W bitwie pod Trafalgarem, w 1805 roku, połączona flota francusko-hiszpańska, próbująca połączyć siły z flotami francuskimi na północy w celu inwazji, została zaatakowana przez flotę brytyjską i przegrała w decydującym starciu. Zwycięstwo brytyjskie położyło kres bezpośredniemu zagrożeniu inwazją Napoleona na Wielką Brytanię. Poważnie zachwiało też determinacją niepopularnego rządu hiszpańskiego pod wodzą Godoya, który zaczął wątpić w przydatność niepewnego sojuszu z Napoleonem. Tymczasem brytyjska kampania (1806-1807) mająca na celu podbicie strategicznie ważnego regionu Rio de la Plata w hiszpańskiej Ameryce Południowej zakończyła się niepowodzeniem.
Godoy wycofał się z systemu kontynentalnego, który Napoleon stworzył w celu walki z Wielką Brytanią, by dołączyć do niego ponownie w 1807 r., po tym jak Napoleon pokonał Prusaków. Napoleon stracił jednak wiarę w Godoya i hiszpańskiego króla Karola IV. W Hiszpanii rosło też poparcie dla syna króla, Ferdynanda, który sprzeciwiał się powszechnie pogardzanemu Godoyowi. Ferdynand sprzyjał jednak sojuszowi z Wielką Brytanią, a Napoleon zawsze wątpił w wiarygodność Burbonów.