W drugiej połowie XX wieku sprawa przeciwko Hauptmannowi znalazła się pod poważną obserwacją. Na przykład, jednym z dowodów w jego procesie był numer telefonu zapisany na tablicy w jego szafie, który był numerem człowieka, który dostarczył okup, Johna F. Condona. Jeden z przysięgłych podczas procesu powiedział, że był to jeden z elementów, który najbardziej go przekonał, ale niektórzy autorzy twierdzą, że reporter później przyznał, że sam napisał ten numer. Nie ma jednak na to żadnych dowodów, a Hauptmann przyznał się do nabazgrania numeru Condona po tym, jak zobaczył go w gazecie, twierdząc, że zrobił to z zainteresowania sprawą. Zarzuca się również, że naoczni świadkowie, którzy umieścili Hauptmanna w posiadłości Lindbergha w pobliżu czasu zbrodni, nie byli godni zaufania i że ani Lindbergh, ani pośrednik, który dostarczył okup, początkowo nie zidentyfikowali Hauptmanna jako odbiorcy.
Czekając w pobliskim samochodzie, Lindbergh słyszał głos „Johna” wołającego do Condona podczas przekazywania okupu, ale nigdy go nie widział. Chociaż zeznał przed wielką ławą przysięgłych w Bronksie, że słyszał tylko słowa „hej doktorku”, i że bardzo trudno byłoby mu powiedzieć, że może rozpoznać człowieka po głosie, zidentyfikował Hauptmanna jako posiadającego ten sam głos podczas jego procesu w Flemington. Policja pobiła Hauptmanna podczas zatrzymania na Greenwich Street Station.
Zarzuca się również, że niektórzy świadkowie byli zastraszani, a niektórzy twierdzą, że policja podkładała lub fałszowała dowody, takie jak drabina. Istnieją również zarzuty, że policja fałszowała karty czasu pracy Hauptmanna i ignorowała innych pracowników, którzy twierdzili, że Hauptmann pracował w dniu porwania. Te i inne ustalenia skłoniły J. Edgara Hoovera, pierwszego dyrektora FBI, do zakwestionowania sposobu prowadzenia śledztwa i procesu. Wdowa po Hauptmannie do końca życia prowadziła kampanię na rzecz uchylenia wyroku skazującego jej męża.
Erastus Mead Hudson był ekspertem od odcisków palców, który wiedział o rzadkiej wówczas metodzie zbierania odcisków palców z drewna i innych powierzchni za pomocą azotanu srebra, na których poprzednia metoda proszkowa nie działała. Stwierdził on, że odcisków palców Hauptmanna nie było na drewnie, nawet w miejscach, których musiał dotykać człowiek, który wykonał drabinę. Po zgłoszeniu tego faktu policjantowi i stwierdzeniu, że muszą dalej szukać, funkcjonariusz powiedział: „Dobry Boże, niech pan nam tego nie mówi, doktorze!”. Drabina została następnie umyta ze wszystkich odcisków palców, a pułkownik Norman Schwarzkopf, Sr, Superintendent Policji Stanowej New Jersey, odmówił ujawnienia opinii publicznej, że odciski Hauptmanna nie znajdowały się na drabinie.
Wiele książek zostało napisanych głosząc niewinność Hauptmanna. Krytykują one policję za dopuszczenie do skażenia miejsc zbrodni, Lindbergha i jego współpracowników za ingerencję w śledztwo, adwokatów Hauptmanna za nieskuteczne reprezentowanie go, a także wiarygodność świadków i dowodów rzeczowych przedstawionych w procesie. Brytyjski dziennikarz Ludovic Kennedy w szczególności zakwestionował wiele dowodów, takich jak pochodzenie drabiny i zeznania wielu świadków.
W swojej książce o innym głośnym procesie z lat 30-tych, sprawie Winnie Ruth Judd, reporterka śledcza Jana Bommersbach argumentowała, że Hauptmann nie mógł otrzymać sprawiedliwego procesu, ponieważ prasa stworzyła atmosferę uprzedzenia wobec niego. Bommersbach zauważyła, że w tamtych czasach gazety działały zarówno jako „sędzia i ława przysięgłych” i relacjonowały przestępstwa w sposób, który dziś byłby uznany za sensacyjny.
Przez ponad 50 lat wdowa po Hauptmannie bezskutecznie walczyła z sądami w New Jersey o ponowne otwarcie sprawy. W 1982 roku 82-letnia Anna Hauptmann pozwała stan New Jersey, różnych byłych policjantów, gazety Hearst, które opublikowały przed procesem artykuły upierające się przy winie Hauptmanna, oraz byłego prokuratora Davida T. Wilentza (wówczas 86-letniego) o ponad 100 milionów dolarów odszkodowania za bezprawną śmierć. Twierdziła, że nowo odkryte dokumenty dowodzą, iż prokuratura dopuściła się uchybień, a agenci rządowi spreparowali dowody, z których wszyscy byli uprzedzeni do Hauptmanna, ponieważ był on niemieckiego pochodzenia. W 1983 roku Sąd Najwyższy Stanów Zjednoczonych odrzucił jej wniosek, aby sędzia federalny rozpatrujący sprawę został zdyskwalifikowany z powodu stronniczości sędziowskiej, a w 1984 roku sędzia oddalił jej roszczenia.
W 1985 roku w garażu zmarłego gubernatora Hoffmana znaleziono ponad 23 000 stron dokumentów policyjnych dotyczących sprawy Hauptmanna. Dokumenty te, wraz z 34.000 stronami akt FBI, które, choć odkryte w 1981 roku, nie zostały ujawnione opinii publicznej, stanowiły bogaty zbiór wcześniej nieujawnionych informacji. W bezpośrednim następstwie tych nowych dowodów Anna Hauptmann 14 lipca 1986 roku ponownie zmieniła swoją skargę cywilną, aby oczyścić imię swojego zmarłego męża, nadal twierdząc, że został on „wrobiony od początku do końca” przez policję poszukującą podejrzanego. Wśród jej zarzutów były sugestie, że szyna drabiny zabrana ze strychu, gdzie mieszkali w 1935 roku, została podłożona przez policję, i że pieniądze na okup zostały pozostawione przez Isidora Fischa, który prawdopodobnie był prawdziwym porywaczem. W 1990 roku gubernator New Jersey, James Florio, odrzucił jej prośbę o spotkanie w celu oczyszczenia Bruno Hauptmanna z zarzutów. Anna Hauptmann zmarła 10 października 1994 roku.
W 1974 roku Anthony Scaduto napisał książkę „Kozioł ofiarny”, w której stanął na stanowisku, że Hauptmann został wrobiony, a policja zarówno ukryła, jak i sfabrykowała dowody. Doprowadziło to do dalszego śledztwa, a w 1985 roku Ludovic Kennedy opublikował książkę The Airman and the Carpenter, w której dowodził, że Hauptmann nie porwał i nie zamordował Charlesa Augustusa Lindbergha Jr. Z książki tej powstał film telewizyjny Crime of the Century z 1996 roku, w którym główne role zagrali Stephen Rea i Isabella Rossellini.
Nie wszyscy współcześni autorzy zgadzają się z tymi teoriami. Jim Fisher, były agent FBI i profesor na Edinboro University of Pennsylvania, napisał dwie książki na ten temat, The Lindbergh Case (1987) i The Ghosts of Hopewell (1999), aby zająć się, przynajmniej częściowo, co nazywa „ruch rewizji”. W tekstach tych szczegółowo wyjaśnia on dowody przeciwko Hauptmannowi. Przedstawia interpretację, w której omawia zarówno zalety, jak i wady tych dowodów. Konkluduje: „Dziś fenomen Lindbergha jest gigantycznym oszustwem popełnionym przez ludzi, którzy wykorzystują nieświadomą i cyniczną opinię publiczną. Niezależnie od wszystkich książek, programów telewizyjnych i pozwów sądowych, Hauptmann jest dziś tak samo winny, jak był w 1932 roku, gdy porwał i zabił syna państwa Lindbergh.”
Lindbergh uważał, że Hauptmann musiał być zamieszany w porwanie i zabójstwo jego syna. Zauważył, że Hauptmann był wspaniale zbudowany, ale miał oczy jak dzik.
.