Mikroflora komensalna (mikroflora prawidłowa, ang, indigenous microbiota) składa się z tych mikroorganizmów, które są obecne na powierzchniach ciała pokrytych komórkami nabłonkowymi i są narażone na działanie środowiska zewnętrznego (przewód pokarmowy i oddechowy, pochwa, skóra itp.). Liczba bakterii zasiedlających powierzchnie błon śluzowych i skóry przewyższa liczbę komórek tworzących organizm człowieka. Bakterie komensalne współżyją ze swoimi gospodarzami, jednak w specyficznych warunkach są w stanie pokonać ochronne reakcje gospodarza i wywierać patologiczne działanie. Bakterie rezydentne tworzą złożone ekosystemy, których różnorodność jest ogromna. Najbogatsza mikroflora występuje w dystalnych częściach jelita; większość bakterii jelitowych to Gram-ujemne beztlenowce. Ponad 50% bakterii jelitowych nie może być hodowanych przy użyciu konwencjonalnych technik mikrobiologicznych. Metody biologii molekularnej pomagają w analizie złożoności strukturalnej i funkcjonalnej mikroflory oraz w identyfikacji jej składników. Mikroflora bytowa zawiera szereg składników zdolnych do aktywacji odporności wrodzonej i adaptacyjnej. Nieograniczona aktywacja immunologiczna w odpowiedzi na sygnały pochodzące od bakterii komensalnych może stwarzać ryzyko wystąpienia stanu zapalnego; odpowiedzi immunologiczne na mikrobiotę błony śluzowej wymagają zatem precyzyjnej kontroli regulacyjnej. Układ odpornościowy błony śluzowej rozwinął wyspecjalizowane mechanizmy regulacyjne, przeciwzapalne, służące do eliminowania lub tolerowania antygenów pokarmowych i powietrznych oraz mikroorganizmów komensalnych, które nie stanowią zagrożenia (tolerancja błony śluzowej jamy ustnej). Jednocześnie jednak układ odpornościowy błony śluzowej musi zapewniać lokalne mechanizmy obronne przed zagrożeniami środowiskowymi (np. inwazyjnymi patogenami). Ten ważny wymóg spełnia kilka mechanizmów odporności śluzówkowej: silnie rozwinięte wrodzone mechanizmy obronne zapewniające właściwą funkcję bariery śluzówkowej, istnienie unikalnych typów limfocytów i ich produktów, transport polimerycznych immunoglobulin przez komórki nabłonka do wydzielin (sIgA) oraz migracja i homing komórek pochodzących z tkanek zorganizowanych śluzówki w błonach śluzowych i gruczołach zewnątrzwydzielniczych.
Ważna rola bakterii komensalnych w rozwoju optymalnie funkcjonującego układu immunologicznego błony śluzowej została wykazana u zwierząt pozbawionych zarazków (przy użyciu technik gnotobiologicznych). Ostatnio sugeruje się udział mikroflory komensalnej i jej składników o silnych właściwościach immunoaktywujących (np. LPS, peptydoglikany, superantygeny, DNA bakteryjne, Hsp) w mechanizmie etiopatogenetycznym różnych złożonych, wieloczynnikowych i wielogenowych chorób, w tym nieswoistych zapaleń jelit, chorób przyzębia, reumatoidalnego zapalenia stawów, miażdżycy, alergii, niewydolności wielonarządowej, raka jelita grubego. Zwierzęce modele chorób człowieka hodowane w określonych warunkach gnotobiotycznych pomagają w wyjaśnieniu etiologii tych częstych zaburzeń. Lepsze zrozumienie interakcji bakterie komensalne-gospodarz, przy użyciu modeli zwierzęcych wolnych od zarazków, z zastosowaniem selektywnych strategii kolonizacji, w połączeniu z nowoczesnymi technikami molekularnymi, może przynieść nowe spojrzenie na mechanizmy odporności błon śluzowych, a także na mechanizmy patogenetyczne wielu chorób zakaźnych, zapalnych, autoimmunologicznych i nowotworowych. Regulacja składu mikroflory (np. przez probiotyki i prebiotyki) daje możliwość wpływania na rozwój odporności śluzówkowej i ogólnoustrojowej, ale może też odgrywać rolę w zapobieganiu i leczeniu niektórych chorób.
.