Miniarki liści powodują szkody w roślinach zarówno bezpośrednio, jak i pośrednio. Najbardziej bezpośrednie szkody powodowane są przez larwy drążące tkankę liściową, co prowadzi do przesuszenia, przedwczesnego opadania liści i uszkodzeń kosmetycznych. Na obszarach tropikalnych i subtropikalnych może to prowadzić do poparzeń owoców, takich jak pomidor i melon. Utrata liści powoduje również zmniejszenie plonu. W przypadku w pełni wyrośniętych roślin warzyw owocujących może jednak dojść do uszkodzenia znacznej ilości liści, zanim wpłynie to na plon.
Rozmiar tunelu liściowego zależy od stadium rozwoju liścia, gatunku rośliny żywicielskiej i gatunku miniarki. Starsze larwy wykonują szersze tunele. Plamy żerowe tworzone przez dorosłe samice mogą także zmniejszać plon, choć z wyjątkiem roślin ozdobnych, ma to zwykle mniejsze znaczenie. Sadzonki i młode rośliny mogą zostać całkowicie zniszczone w wyniku bezpośrednich szkód wyrządzonych przez miniarki.
Szkody pośrednie powstają, gdy grzyby chorobotwórcze lub bakterie dostają się do tkanek roślinnych przez żerujące plamy. Miny miniarek grochowych (Liriomyza huidobrensis) często biegną wzdłuż żyłek środkowych i bocznych, ale mogą też przebiegać nieregularnie na całym liściu. Gdy na liściu pojawi się więcej min, może powstać duża „kopalnia płytowa”. Znajdują się one najczęściej u podstawy liścia.