Organizacja, która doprowadziła do powstania Military Auxiliary Radio System nosiła nazwę Auxiliary Amateur Radio System (AARS). AARS został utworzony w listopadzie 1925 roku przez kilku oddanych pionierów w Korpusie Sygnałowym Armii Stanów Zjednoczonych pod kierownictwem kapitana Thomasa C. Rivesa. Podczas I wojny światowej Stany Zjednoczone uznały radio za kluczowy środek komunikacji. Integracja radia w celu wsparcia operacji wojskowych wygenerowała znaczne zapotrzebowanie na siłę roboczą i umiejętności, które nie były łatwe do spełnienia. Army Amateur Radio System został utworzony w 1925 roku w celu zapewnienia puli wyszkolonych operatorów radiowych dla wsparcia Korpusu Sygnałowego podczas mobilizacji w czasie wojny i zapewnienia rozszerzenia sieci radiowej Korpusu Sygnałowego w celu wsparcia władz cywilnych w działaniach pomocowych w przypadku klęsk żywiołowych. Wspierając cele wojskowe, organizacja składała się z ochotniczych cywilów, którzy byli doświadczonymi radioamatorami. Ci cywile zastosowali swoje specjalistyczne umiejętności w komunikacji radiowej podczas wspierania Korpusu Sygnałowego na całym kontynencie Stanów Zjednoczonych, Filipinach, Panamie i Hawajach.
Organizacja ostatecznie doświadczyła zarówno sukcesu jak i porażki. Army Amateur Radio System odniósł sukces w rozwoju biegłości swoich operatorów radiowych, jak wykazano przez wsparcie dostarczane do władz lokalnych, stanowych i federalnych podczas klęsk żywiołowych wysiłków pomocowych. Jednakże w przededniu przystąpienia Stanów Zjednoczonych do II Wojny Światowej, członkostwo w Army Amateur Radio System było znacznie niedostatecznie rozwinięte pod względem liczebności, aby zapewnić znaczącą siłę roboczą w celu zwiększenia mobilizacji Korpusu Sygnałowego do wojny. Organizacja AARS kontynuowała działalność do momentu przystąpienia Stanów Zjednoczonych do II wojny światowej 7 grudnia 1941 roku, kiedy to radioamatorom odmówiono prawa do korzystania z fal radiowych, a służba amatorska i Army Amateur Radio System zostały zdezaktywowane. Po II wojnie światowej Armia USA uznała znaczenie reaktywacji AARS dla szkolenia niezbędnego personelu łączności przy stosunkowo niskich kosztach bezpośrednich dla rządu i w 1946 roku AARS został reaktywowany.
AARS funkcjonował jako taki do czasu utworzenia Military Affiliate Radio System w listopadzie 1948 roku wraz z ustanowieniem oddzielnych programów Armii i Sił Powietrznych MARS, odzwierciedlających utworzenie Sił Powietrznych jako oddzielnej służby. W 1948 roku kapitan Robert L. Gabardy (K4TJ, SK) wybrał akronim MARS, rzymskiego boga wojny, jako odpowiednią nazwę dla odrodzenia AARS po II wojnie światowej jako Wojskowego Systemu Radiokomunikacji Amatorskiej. Nazwa programu została zmieniona na Military Affiliate Radio System w dniu 2 września 1952 roku, w uznaniu zmieniającego się charakteru organizacji wraz z rosnącą liczbą cywilnych członków-ochotników. Ostatecznie program MARS Marynarki Wojennej i Korpusu Marynarki Wojennej został oficjalnie ustanowiony 17 sierpnia 1962 roku i rozpoczął działalność 1 stycznia 1963 roku. Było to następstwem Kubańskiego Kryzysu Rakietowego i troski prezydenta Kennedy’ego o realne i rozszerzone możliwości komunikacyjne.
Podczas wojny koreańskiej, wojny wietnamskiej, zimnej wojny i wojny w Zatoce Perskiej, MARS był najbardziej znany z obsługi wiadomości pisanych „Marsgram” i dostarczania „naszywek telefonicznych”, aby umożliwić zamorskim żołnierzom kontakt z ich rodzinami w domu.
Nazwa programu została ponownie zmieniona na obecny Wojskowy Pomocniczy System Radiowy 23 grudnia 2009 r.
Dyspozycja wydana w maju 2009 r. ogłosiła zamknięcie programu MARS Marynarki Wojennej i Korpusu Piechoty Morskiej do 30 września 2009 r. Jednak MARS Marynarki Wojennej i Korpusu Morskiego funkcjonował do 30 września 2015 roku.
Instrukcja Departamentu Obrony 4650.02, z dnia 23 grudnia 2009 roku zmieniła status MARS z afiliowanego na pomocniczy (równy statusowi Pomocniczej Straży Przybrzeżnej i Cywilnego Patrolu Lotniczego). Ta zmiana statusu uchroniła program MARS Marynarki Wojennej i Korpusu Marynarki Wojennej przed zamknięciem i ustawiła go z powrotem w jednej linii z misją łączności kryzysowej jego siostrzanych służb (Army i Air Force MARS).
.