Teren, na którym znajduje się zbiornik, był częścią Rancho Janal i został zakupiony przez E. S. Babcock. Dolny Zbiornik Otay został pierwotnie utworzony w 1897 roku po wybudowaniu Dolnej Tamy Otay przez Southern California Mountain Water Company. Pierwotna tama była typu wypełnienia skalnego o wysokości 125 stóp (38 m). W 1900 roku John D. Spreckels zakupił ziemię wokół zbiornika, a zbiornik został później przejęty przez firmę będącą własnością Sprecklesa. Na jeziorze był domek myśliwski, który został wykorzystany przez gości Hotel del Coronado.
Oryginalna tama ustąpiła w styczniu 1916 roku po ulewnych deszczach, które dotknęły większość Południowej Kalifornii zalewając Otay Valley ze ścianą wody od 20 do 100 stóp (6.1 do 30.5 m) w wysokości podczas imprezy, zabijając ponad 14 osób. Powódź zmiotła całe farmy i budynki, w tym rezydencję Montgomery’ego w Fruitland w pobliżu ujścia rzeki, gdzie John J. Montgomery zbudował swoją pierwszą serię projektów szybowców załogowych. Deszcze były rzekomo dziełem „twórcy deszczu” Charlesa Hatfielda, który został wynajęty przez miasto San Diego do pomocy w zwiększeniu opadów w celu napełnienia pobliskiego zbiornika Morena Reservoir. Nigdy nie został on oskarżony o żadne przestępstwa. Po tym wydarzeniu wybudowano obecną zaporę Arch-gravity. W 1934 roku nazwano ją na cześć Hirama Newtona Savage’a, inżyniera miejskiego, który nadzorował jej budowę.
W 1936 roku Stephen Birch kupił ziemię wokół zbiornika, która była Rancho Otay. Jego córka Mary odziedziczyła ziemię i poślubiając byłego dowódcę Królewskich Sił Powietrznych, wprowadziła się do dawnego domku myśliwskiego nad jeziorem Upper Otay, Rancho del Otay.
Samolot Curtiss SB2C Helldiver został zauważony w jeziorze w lutym 2009 roku przez wędkarza. W dniu 28 maja 1945 roku, to było na praktyce bombardowania z pobliskiego lotniskowca, gdy silnik utknął zmuszony do awaryjnego lądowania w zbiorniku. Nurkowie zbadali samolot 23 lipca 2009 r., aby sprawdzić, czy można go uratować do ekspozycji muzealnej, i został podniesiony 20 sierpnia 2010 r.
.