W historii baseballu ligowego istniało kilka lig południowoatlantyckich, od 1904 r. do dziś z kilkoma przerwami. Liga działała od 1904 do 1917 roku jako liga klasy C, następnie wystartowała ponownie w 1919 roku, również jako liga klasy C. Tym razem działała od 1919 do 1930 roku, awansując do klasy B począwszy od 1921 roku. William G. Bramham został prezydentem ligi w połowie 1924 roku i służył do 1930 roku. Liga została wznowiona ponownie jako klasa B w latach 1936-1942, zamknięta w wyniku II wojny światowej, a powróciła w 1946 roku jako liga klasy A. AA Southern Association (która nigdy się nie zintegrowała) zmarła po sezonie 1961, więc SAL została awansowana do AA w 1963, aby zająć jej miejsce; rok później nazwa została zmieniona na Southern League. Z 51 sezonów działalności, Augusta, Georgia rywalizowała w 46, Macon, Georgia była w 46, a Columbia, Karolina Południowa była w 45. Charleston, Karolina Południowa; Jacksonville, Floryda; Savannah, Georgia; i Columbus, Georgia; każdy konkurował przez co najmniej 29 lat również, co czyni stosunkowo stabilny lineup.
The South Atlantic League nazwa poszedł nieużywany przez 16 lat, ale w 1980 roku Western Carolinas League przywrócił nazwę, gdy starał się zmienić swoją tożsamość. Przez prawie 60 lat, od 1948 do 2007 roku, dominującą postacią w WCL/SAL był założyciel i prezydent ligi John Henry Moss, który rozpoczął WCL jako młody człowiek w 1948 roku, założył ją ponownie w 1960 roku, a następnie poprowadził ją w nowe stulecie. Moss przeszedł na emeryturę po zakończeniu sezonu 2007 w South Atlantic League. Zmarł w wieku 90 lat 1 lipca 2009 r. w Kings Mountain w Północnej Karolinie – mieście, w którym był również burmistrzem przez 23 lata.
W 2005 r. SAL miała najwyższą frekwencję od 101 lat z ponad 3 541 992 fanów (podczas gdy mniejsza liga baseballu ustanowiła drugi prosty rekord z 41 333 279 uczestników). Obecnie liga ma 14 zespołów, podzielonych na dwie dywizje po siedem klubów.
Początek sezonu 2020 został przełożony ze względu na pandemię COVID-19, zanim ostatecznie został odwołany 30 czerwca. Pod koniec 2020 roku, Major League Baseball restrukturyzacji systemu mniejszej ligi zmusił masywne wstrząsy na poziomie Class A i High-A. Z czternastu drużyn, które zagrałyby w sezonie 2020 SAL, sześć zostało awansowanych do High-A i uczestniczyło w nowym High-A East, pięć pozostało w Low-A, ale dołączyło do nowego Low-A East, a trzy zostały zmuszone do całkowitego opuszczenia powiązanego baseballu. Hagerstown Suns podobno spasował, a West Virginia Power i Lexington Legends dołączyły do Atlantic League of Professional Baseball, ligi partnerskiej z Major League Baseball.
.