Yukiteru Amano (天野雪輝) jest 14-letnim, nieśmiałym i marzącym samotnikiem, który obserwuje życie i zapisuje wydarzenia na swoim telefonie komórkowym. Jego jedynymi przyjaciółmi są Deus Ex Machina (デウス・エクス・マキナ), Bóg Przestrzeni i Czasu, oraz jego asystent Muru Muru (ムルムル). Deus przekształca telefon Yukiteru w Dziennik Przyszłości, zdolny do przewidywania przyszłości do dziewięćdziesięciu dni. Yukiteru odkrywa, że on i jedenaście innych osób są częścią gry przetrwania zorganizowanej przez Deus. Celem tej gry jest wyeliminowanie innych posiadaczy dziennika, zwycięzca, aby zastąpić Deus jako boga i zapobiec Apokalipsie. Yukiteru znajduje się chronione przez Yuno Gasai (我妻由乃), uroczy, ale psychopatyczny kolega z klasy, który obsesyjnie prześladuje go po obiecał iść stargazing razem rok przed.
Dwóch głównych graczy napotykają są terrorysta Minene Uryu, który chce zniszczyć całą religię po jej rodzice zginęli w wierze napędzany wojny; i Keigo Kurusu, policjant, który chce zakończyć grę. Później, Kurusu zdradza Yukiteru i Yuno, kiedy odkrywa, że jego przykuty do łóżka syn cierpi na nieuleczalną chorobę. On zabija posiadacza dziennika Karyuudo Tsukishima i ramki Yukiteru i Yuno. Minene zwraca się do detektywa Masumi Nishijima, odsłaniając zbrodnię Kurusu. W swoim wstydzie, Kurusu eliminuje się z gry.
John Bacchus, burmistrz miasta i projektant Dzienników Przyszłości, próbuje manipulować zadłużonego ojca Yukiteru, Kurou, do kradzieży dziennika jego syna. Kurou nie udaje, nieumyślnie mordując swoją byłą żonę Rea, a następnie zostaje zamordowany przez ludzi Bacchusa. Yukiteru przysięga wygrać grę i wskrzesić swoich rodziców. On i Yuno cel pozostałych posiadaczy dzienników, Minene, Bacchus i Kamado Ueshita, który prowadzi sierociniec. Tymczasem Yukiteru bystry przyjaciel Aru Akise, i Nishijima zbadać odkrycie trzech ciał w domu Yuno, dwa są jej rodzice, a trzeci zidentyfikowany jako Yuno Gasai, przynosząc jej tożsamość do question.
Kamado pamiętnik, który może dać innym zastępcze dzienniki, jest podłączony do superkomputera, dając każdemu w mieście Future Diaries jako część planu Bachusa, aby pomóc ludzkości ewoluować. Yukiteru i Yuno, Minene, Nishijima, a Yukiteru przyjaciele szturmować siedzibę Bachusa. On uszczelnia się w skarbcu bankowym należącym do rodziców Yuno, jej odciski palców jedynym sposobem, aby uzyskać do niego dostęp. Minene poświęca się, aby zniszczyć skarbiec, ale nie udaje się, tylko dla Aru świadkiem Yuno dostęp do skarbca i zabić Bachusa. Chcąc odpowiedzi, Aru konfrontuje Deus, który ujawnia chłopiec jest sztuczny człowiek zaprojektowany do obserwacji gry i utrzymać go w równowadze, ale potwierdza, że jest spisek wokół Yuno.
Yukiteru morduje swoich przyjaciół, a następnie Kamado. Aru walczy Yuno, niszcząc jej pamiętnik, ale odkrywa, że ma zapasowy. Zdając sobie sprawę z prawdy, Aru pokazuje tekst do Yukiteru przed Yuno dekapituje go. Jak dni do Apokalipsy zbliża, Yukiteru i Yuno skonsumować swój związek. Jednak Yukiteru ujawnia sugestię Aru, że Yuno pochodzi z innej linii czasu, a ona natychmiast odwraca się od niego. Muru Muru, prawdziwy mastermind za kurs gry, potwierdza teorię Aru. Yukiteru zmarł i Yuno wygrał grę w innej linii czasowej, ale odkrył, że nawet moc boga nie może przywrócić zmarłych. W jej smutku, Yuno cofnęła się w czasie, tworząc alternatywną linię czasu, mordując i zastępując jej drugą jaźń.
Yuno i Muru Muru cofają się w czasie ponownie, tworząc trzeci świat, ścigany przez Yukiteru i Minene, utrzymywany przy życiu przez Deusa jako dzika karta i nasycony częścią jego mocy. Obie strony walczą, aby chronić lub zabić trzeciego świata Yuno i jej rodziców. Yuno, nie mogąc zabić Yukiteru, pułapki go w świecie marzeń, gdzie ona nie istnieje, a następnie atakuje jej alternatywną siebie. Yukiteru pamięta Yuno, uciekając z więzienia wspomagane przez drugiego świata Muru Muru, i zatrzymuje Yuno. Choć Yukiteru prosi Yuno go zabić, aby mogła żyć, ona zamiast tego eliminuje się i umiera w jego ramionach. Yukiteru staje się bogiem i jest przeciągnięty do drugiego świata przez Muru Muru.
Ten tysiąc lat później, żałobny Yukiteru nie zrobił nic ze swoimi boskimi mocami. Udało mu się odciąć wszystkie wpływy, które pierwszy i drugi świat miał z trzecim i zapobiega deus trzeciego świata od śmierci. Yukiteru wpatruje się w swój pamiętnik, opłakując fakt, że już nigdy nie zobaczy Yuno z pierwszego świata, jedynej osoby, którą pokocha. Jednak międzywymiarowe ściany są rozbite przez trzeci świat Yuno, który posiada wspomnienia pierwszego świata dzięki uprzejmości pokutującego Muru Muru. Yukiteru i Yuno łączą się ponownie jako bogowie drugiego świata i wieczni kochankowie.